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通过人工审核、编号后的清查表进入计算机数据处理阶段。录入员负责数据的录入、复录，专业人员负责数据的机审。对机审发现的逻辑错误和重名重码等问题要及时核实、剔重和更正。机审通过的数据方可汇总制表。
（八）单位的查漏补缺
“地毯式”清查后，县经济普查机构将清查初步结果与由包括基本单位名录库在内的各部门资料制成的清查结果比对底册进行比对，形成查漏补缺核查册，并组织实施查漏补缺。在获得各部门提供的2008年下半年单位（户）增减变动资料后，县级经济普查机构将新的清查数据与其比对，根据比对情况，再重点进行查漏补缺。
在进行查漏补缺时，对于查漏补缺核查册中能够找到的单位（户），普查员要在对应单位（户）的“核查情况”栏中打"√"，并按正常流程布置该单位（户）填报清查表。而对于在册上列明，但对应地址没有找到的单位（户），普查员必须通过实地查找、电话联系、询问物业管理公司、拨打114等电话查询、网络搜索等多种方式进行反复查找和询问原因。最终实地查找不到的，必须在核查册中的“核查情况”栏中注明相应的代码，包括：1.关闭、2.破产、3.停业、4.拆迁、5.合并、6.迁出、7.联系不到和10.其他（请注明情况）。
在查漏补缺时，普查员如发现核查册上没有、而实际上存在且未在本普查（小）区清查登记过的单位（户），要按照清查的正常流程进行清查登记，并在核查册上填写该单位（户）的基本信息，在“核查情况”栏中注明相应的代码，包括8.迁入和9.新增。
各级经济普查机构要根据单位清查数据，整理所属下一级的跨区域的产业活动单位数据资料，即产业活动单位与其归属法人单位不在同一行政区域内的数据资料，并反馈给下一级经济普查机构。下级经济普查机构将上级反馈的数据资料，与本级的《多产业法人单位所属的产业活动单位一览表》进行比对，防止普查登记阶段遗漏异地的产业活动单位。
（九）清查数据比对分析
1．与部门数据比对分析。各级经济普查机构要将清查数据与同级编制、民政、税务、工商、质监等部门提供的行政登记资料进行比对分析。对于部门行政登记资料中存在，而清查中没有找到的单位，反馈给负责登记的相关部门，由相关部门负责协助查找和认定。
2．统计部门内部的数据比对分析。各级经济普查机构要将清查数据与第一次经济普查数据和现有基本单位名录库数据进行比对分析，评估数据质量，分析差别存在的原因。统计部门内部各相关专业人员要对本专业统计年报规模以上（限额以上、资质内）单位数据进行对比分析，并确认本专业统计年报单位。
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