第一阶段：2008年10月20日至11月31日为清理整顿阶段。各部门要按照职责任务分工，加大执法检查力度，对不接受教育，仍然从事非法营运的，初次被查的从轻处罚，并说服教育，再次被查扣的要酌情加大处罚力度，依法遏制非法营运。
第二阶段：2008年12月1日至2008年12月31日为巩固验收阶段。在总结专项整治工作成效、经验的同时，对专项整治工作进行“回头看”，查漏补缺，清除整治“死角”，巩固整治成果，汇总上报有关资料。此阶段联合整治小组可适时解散并根据实际需要另行集中。运管部门和交警部门在此次专项整治基础上，要建立和完善长效管理机制，开展长期整治。
五、工作要求
1、加强协调，落实责任。领导小组要做好协调工作，部门之间要紧密配合，互相支持，互通信息，协调行动，各成员单位要制定具体的工作方案，落实各项工作任务，确保专项整治工作达到预期目标。
2、广泛深入地开展宣传教育工作，对广大群众和运输车辆经营者要广泛宣传有关法律法规、政策措施，对非法营运的经营者要加强教育，晓之以理、动之以情，做到有理、有力、有节，营造良好的社会氛围。
3、采取灵活多样的工作方法。对非法营运车辆及非法营运车辆聚集停靠点，各县联合执法队要采取巡查、夜查等有效方式进行稽查，对投诉举报的非法营运车辆，要采取跟踪稽查的方式，依照有关规定严肃处理，做到事事有落实。
4、充分调动广大道路运输经营者的积极性，自觉维护自身的合法权益，鼓励经营者举报“黑车”，协助执法部门查处“黑车”。同时，各有关部门要切实保护举报人的安全。
5、运管、交警部门要建立整治非法营运车辆抄告制度，在接到协查报告后，协助抄告单位查处非法营运车辆。
6、对要查处的交通违法行为由交警部门按《
道路交通安全法》等相关规定进行登记处理。查扣的非法营运车辆由运管部门按规定进行登记处理，并妥善保管好车辆，未经交通部门批准，不得私自放行查扣车辆。
7、执法人员要配备必要的安全防护设施，在执法过程中要文明执法、依法办事，确保执法人员和被查车辆驾驶员的人身安全。
8、严禁运管、交警部门工作人员的私车非法进入运输市场从事出租客运和班线客运，严禁利用工作之便为违法经营者通风报信、说情、开绿灯，对违反规定的要严肃处理。同时，对在专项整治中工作不力或滥用职权、徇私舞弊、玩忽职守的单位和个人，要追究其行政责任。
