第二十条 各级业务部门要主动加强资金运行跟踪检查，及时发现和纠正问题。每年要有安排，每次系统业务会要有要求；每笔资金拨付后要有检查或抽查，每年工作总结要有对专项资金管理检查的内容。
第二十一条 各级计财、纪检监察部门要组织专项监督检查。按照职能分工，计财和纪检监察部门既可单独组织，也可联合进行；专项督查每年不少于两次，每次督查要形成专题报告，向本级党组（委）如实反映问题，视情况在一定范围通报、讲评。
第二十二条 各级纪检监察部门要组织专项资金执法监察。每年选择二至三类专项资金，牵头组织计财、审计、相关业务处（科、股），进行一至二次执法监察，对问题进行解剖分析，提出整改意见，促进资金规范管理和依法安全运行。
第二十三条 检查（监察）组依法进行专项调查或检查（监察）时，被调查、检查（监察）单位和个人应予主动配合，如实反映情况，不得拒绝、阻挠、搪塞和推拖。
第二十四条 各级应培养和建立相对稳定、由纪检监察和计财部门牵头负责，相关业务处和具有财务审计资格人员参加的监管队伍，根据任务需要，适时开展专项资金监督检查。
第二十五条 专项资金监督检查应采取顺查与倒查、明查与暗访、核账与核物相结合的方式进行，通过沿资金流向逐级顺查、直接深入基层农户反向倒查，准确了解问题，不断改进监管办法。
第二十六条 对专项资金检查（监察）的重点是：资金分配是否科学、合理，理由和依据是否充分；分配方案是否民主、公正，是否经集体研究决定；资金拨付程序是否规范，使用是否安全有效；资金监管制度是否健全，落实是否到位；财经纪律、廉政规定是否落实；发放手续是否完备，账款、账表、账册、账卡、账物等是否相符；查验资金落实末端，是否及时、足额发放。
第五章 责任追究
第二十七条 各级主要负责人和分管负责人，对本级及所属行业专项资金分配决策、管理使用和监督检查分别负主要领导责任和直接领导责任，各业务处（科、股）负责人对分管范围的资金监管负直接责任。
