在看到前所未有的机遇的同时，还要清醒地看到我区高校所面临的挑战和危机。高校必须增强机遇意识和忧患意识，把握难得的机遇，迎接严峻的挑战，快速提升高校创新能力，推动高等教育自身发展，努力成为区域创新体系的骨干和引领力量，为造就大批具有较高科学技术水平的专门人才，积极推动区域创新作出应有的贡献。
三、自治区高等学校科研计划的指导思想、总体目标与建设任务
（一）指导思想
以科学发展观统领高校科研工作的全局，以自治区经济社会发展的需要为导向，立足区情，发挥高校优势，以人为本，深化改革，突出新疆地域特色和资源特色，推进科学研究与科技发展；围绕自治区经济和社会发展中需要解决的重大问题，注重社会、生态和经济效益，实现重点突破，开创新阶段高校科研工作的新局面。
（二）总体目标
到2012年，自治区高校科研计划项目建设的总体目标是：通过项目支持和引导，培养造就一支以优秀学科带头人才和创新团队为重点的高水平、高素质的研究和创新队伍，高校科技创新与创新人才培养的结合程度明显提高，初步形成社会科学与自然科学交叉、融合的创新体系；高校产学研结合更为紧密；攻克一批产业共性关键技术，获取一批在国内具有影响的、具有自主知识产权的重大科技成果，科技创新的整体实力和水平以及哲学社会科学的综合实力显著提高；高校科研自主创新能力和解决重大问题的科技能力显著增强，在区域经济社会发展中的服务能力和贡献力显著提高；获取国家重大基础研究和科技攻关项目、国家哲学社会科学重大项目的能力显著提升。经过5年的努力，部分高校科研排名处于同类地区领先地位，具有特色的研究领域达到国内先进水平。
（三）建设任务
1、坚持科技创新与培养造就创新型人才紧密结合。围绕学科建设凝练研究领域和方向，把培养大批拔尖创新人才，培养、汇聚高水平创新型科技队伍作为高校科学研究和科技创新的重要任务、重要目标和根本保证，进一步优化科技人员规模和结构。到2012年，具有研究生学历的科技人员占科技人员总数的60%以上，青年教师取得博士学位后3年内，主持课题率达到90%；重点资助200项以上重点项目，培育350名具有博士学位的青年教师成为科研学术骨干；在高校科研计划项目支持的基础上，高校教师或科研团队参与国家和省部级哲学社会科学、自然科学重大基础研究项目的竞争能力明显提高，5～10名科研项目带头人成为国家重大项目的首席科学家。推进研究生培养机制改革，激励导师和研究生参与科学研究。
