违法案件的调查取证和审查决定应当分开进行。违法案件的立案调查，由调查机构负责实施；案件审查和拟定处罚决定，由法制工作机构或者具有法制工作职能的机构负责。
环保部门可以在法定职权范围内，委托符合法定条件的单位实施行政处罚。受委托的单位在委托范围内，以委托的环保部门名义实施行政处罚。受委托单位按照委托事项实行查、处分工的，应当确定内设的调查机构和法制工作职能机构，并依照本规程的程序实施行政处罚。
第六条 调查机构根据行政执法职能，分别负责建设项目环境影响评价、建设项目“三同时”制度执行、危险废物收集和处置（包括贮存、转移、运输、处理）、进口废物或废物利用、放射性和电磁辐射污染防治、污染源限期治理、排污申报登记、排污许可证申请和发放、引进技术和设备、产生严重污染的生产设备转移、污染物排放、污染治理设施运行、缴纳排污费及超标排污费、污染事故和生态破坏事件、拒绝现场检查或在被检查时弄虚作假等违法行为的立案，并组织开展调查取证。
法制工作机构或者具有法制工作职能的机构，负责办理违法案件行政处罚意见的审查、实施违法案件查处情况的执法监督、制发行政处罚文书，以及按照规定的权限办理与行政处罚相关的法律事务。
第七条 环保部门在对环境违法行为实施行政处罚时，应当符合法定权限和处罚种类，合理认定当事人的主客观过错责任、违法行为造成的危害后果、改正违法行为采取的措施和实际效果、违法行为属于初犯或再犯等情节，参照《苏州市环境保护行政处罚自由裁量基准制度》确定适当的处罚幅度。
对重大或者案情复杂的环境违法案件应当予处罚或者拟予较重处罚的，以及其他不宜参照《苏州市环境保护行政处罚自由裁量基准制度》的行政处罚，可以由审议小组集体讨论决定，并将《行政处罚审议记录》归入案卷卷宗。审议小组应当由环保部门负责人和有关分管领导、案件调查机构、法制工作机构或者具有法制工作职能的机构等人员组成。
第八条 环保部门以及受委托单位，在日常监督管理、巡查以及专项执法检查中发现、群众检举或控告、本级政府有关部门移送及上级环保部门或本级人民政府转送的符合下列条件的违法行为，应当立案查处：
（一）有明确的环境违法行为者（公民、法人和其他组织）；
（二）有违法行为事实或者造成危害后果；
（三）依法应当或者可以给予行政处罚；
（四）属于法定职权管辖范围。
违法行为的立案，应当在接案后二个工作日内填写《行政处罚立案登记审批表》，经调查机构的分管领导审批后五个工作日内，将副本送法制工作机构或者具有法制工作职能的机构。
对不予立案的检举或控告，应当由受理检举或控告的调查机构说明不予立案理由，报分管领导核准后，将结果告知具名的检举或控告人，并将相关记录和资料归档。
第九条 违法案件的调查取证应当由调查机构两人以上进行。参加调查取证的人员应当向被调查人表明身份并出示行政执法有效证件，出示证件情况应当记入现场检查情况记录或调查笔录。调查结论应当准确、客观地反映案件的真实情况。
第十条 调查取证应当全面、科学地充分收集、调取与案件有关的、反映案件事实的一切原始凭证作为证据，包括书证、物证、视听资料（数码图片、录音、摄像或胶片照片、录音磁带、录像磁带）、证人证言、当事人陈述、鉴定结论、监测报告、勘验笔录和现场笔录。
