3、严把竣工验收关。水利工程管理部门应及时组织对水利工程管理范围内的建设工程及补偿工程进行专项验收，验收合格后工程方可启用。
4、做好资料收集归档工作。水利工程管理部门应督促建设单位在工程竣工验收后六个月内报送建设项目有关竣工验收资料。对涉水建设项目监管资料、专项验收资料、相关的水利工程安全监测等资料及时收集归档。
5、加强工程运行管理。水利工程管理部门要对合法批准或属于历史占用的企业进行建档，并与这些企业签订安全运行责任书，内容包含防汛责任、堤防管养和绿化等。对审批项目建设后的运行状况进行监管，督促工程监测、观测和安全等措施落实，确保按审批内容和要求运用，以保证水利工程设施的完好和项目自身运行安全。
五、建立统一巡查机制，加大违章处理力度
违反水法规的涉水建设项目，包括不经许可建设的涉水项目和虽经许可但未严格按照许可内容建设的涉水项目。水利工程管理部门和水行政执法部门，既要明确职责分工，又要加强协调沟通，共同承担起涉水建设项目的管理、执法工作。
1、建立统一的巡查机制。已实施管养分离的水利工程，其巡查工作结合养护工作一并开展，养护单位对发现的违章要及时制止，当制止无效时应及时报告，需要立案查处时由执法部门立案查处；对未实施管养分离的水利工程应加快管养分离步伐，整合现有管理和执法巡查力量，实施统一巡查。
2、建立管理与执法会商机制。涉水建设项目许可阶段，执法部门通过会签，及时了解许可项目位置、规模、性质、时限、对现有水利工程设施的影响等内容，为监督和查处违法违规行为做好准备；建设阶段，从开工、放样起，执法部门就应主动参与，掌握工程建设第一手资料，尤其对施工中可能造成水利工程损坏、河道冲刷淤积、临时搭建堆放等，由水利工程管理部门牵头、执法部门参加，与建设单位签订修复（治理）协议；水利工程管理和执法部门应定期召开会议，会商管理、执法中发现的问题，共同研究处理办法。
3、依法查处涉水违法违规案件。对未批先建，虽经许可但未通过方案审查、未开工验线、不按许可内容建设、不履行协议等违法行为，由执法部门予以查处。执法部门根据违法违规事实，依法采取责令停止违法行为、限期拆除并恢复原状、限期补办有关手续、强制拆除并处罚款等措施，必要时申请人民法院强制执行。对影响水利工程较大的案件，结案时应由水利工程管理部门组织验收。对需跨汛期施工的，水利工程管理部门及时督促建设单位上报度汛方案，确保度汛安全。对历史遗留问题，应分清具体情况，逐步加以处理。
