林业部门负责组织制定林业生态环境保护规划，负责森林资源管理、退耕还林、天然林保护和野生动植物多样性保护，组织开展林业外来有害入侵物种防治。
　　水务部门负责组织制定农村水资源生态环境保护规划，协助环保部门依法划定农村饮用水源保护区，加强农村饮用水源保护，负责农村饮用水安全和生活污水无害化处置，组织农村水系整治、河道清淤、流域污染防治、水生态保护与修复，负责抓好水产养殖污染防治。
　　畜牧部门负责组织制定农村畜禽养殖污染防治规划，组织开展以规模化畜禽养殖为重点的畜禽养殖污染防治。
　　卫生部门负责农村医疗卫生机构医疗废弃物的污染防治和处置，组织农村生活饮用水安全工程的卫生学评价及生活饮用水水质卫生监测。
　　工业经济主管部门负责组织制定农村工业污染防治规划，组织开展农村工矿污染治理。
　　国土部门负责组织制定基本农田生态环境保护规划，负责矿产资源勘查、开采过程中矿山生态环境保护监管，组织矿山生态环境治理，依法拆除各类污染环境非法场点的违法占地建筑，指导乡村恢复受污染的农田生态环境。
　　工商部门负责依法取缔农村无照从事生产经营污染环境的加工场点。
　　供水供电部门负责对农村污染环境的非法加工场点依法采取强制停水停电措施。
　　司法行政部门负责组织相关法制宣传教育，为农村环境保护创造良好的法制环境。
　　监察部门负责监督各级政府及部门履行农村环境保护工作职责情况，查处农村环境保护工作中有关违纪违法案件。
　　目标督查部门负责农村环境保护工作目标管理、考核和督查督办。
　　其他有关部门、单位要按照“一岗双责”要求，协同做好农村环境保护工作。
　　市级有关部门负责组织制定的相关工作规划务必于今年年底前上报市政府并印发各县（市、区），同时还应负责制定相应的年度工作计划并组织实施。
　　（三）加大投入，建立健全农村环境保护投入机制。各级政府应设立农村环境保护专项资金，建立农村环保专项预算常态制，确保足额资金用于农村环境保护。市财政从2010年开始每年预算农村环保专项资金，用于全市农村环境保护，并实行“以奖促治、以奖代补”政策。各县（市、区）也要安排一定比例财政资金用于农村环境保护。优化整合资源，各级新农村建设专项资金、扶贫开发资金及各涉农部门专项资金应安排一定比例集中用于农村污染防治和生态环境建设。各级财政资金要重点用于农村饮用水源保护、小流域及湖库综合治理、生活饮用水卫生监测、规模化畜禽养殖污染防治、农业面源污染治理、乡镇生活污水、垃圾集中处置和基层环境监测、监管能力建设。同时，要建立政府、企业和社会多元化投入新机制，按照“谁主管、谁受益”的原则，吸引和鼓励各类社会资金参与农村环境保护。

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