（一） 领导机构
领导机构为北京市基本药物工作委员会。委员会负责协调解决制定和实施基本药物制度各环节相关政策，确定北京市贯彻落实国家基本药物制度的框架及增补目录的遴选和调整原则、范围、程序和工作方案。委员会由市卫生局、市发展改革委、市经济信息化委、市监察局、市财政局、市人力社保局、市商务委、市工商局、市药监局、市中医局组成。
各有关部门具体职责分工：市卫生局负责基本药物制度的组织实施和评估，落实国家基本药物制度各项具体要求，提出本市基层医疗卫生机构药品使用目录和调整原则，出台集中采购工作方案，制定本市各级各类医疗卫生机构配备使用基本药物的具体细则，加强监督落实；市发展改革委负责按照国家发展改革委制定公布的基本药物全国零售指导价格，补充制定在本市销售的基本药物零售指导价格；市经济信息化委负责推动医药企业提高自主创新能力和医药产业结构优化升级，协调组织生产企业保证基本药物供应能力；市监察局负责会同有关部门对基本药物制度落实情况进行监督检查；市财政局负责贯彻收支两条线政策，保障实施基本药物制度相关经费落实；市人力社保局、市卫生局负责组织落实基本药物制度医疗保险和新农合报销政策，提高基本药物报销比例，制定相应管理办法；市商务委负责药品流通行业的规划；市工商局负责对商业贿赂等不正当竞争行为进行监督检查；市药监局负责基本药物质量的监督管理，完善基本药物的储备管理，强化不良反应监测和质量抽验，开展上市药品再评价；市中医局负责推荐中医药专家参与基本药物增补中的中药部分目录评价与筛选，完善医疗机构中药饮片使用管理规范。各部门要加强协调配合，及时研究解决基本药物相关工作中出现的重大问题。
北京市基本药物工作委员会办公室设在北京市卫生局，负责基本药物制度的日常组织管理。
办公室组织建立基本药物制度专家库，主要由医学、药学、卫生经济学、医疗保险管理、卫生管理和价格管理等方面专家组成，负责北京市贯彻落实国家基本药物制度的咨询和评审工作。
区县人民政府设立相应的管理机构负责基本药物制度在辖区内的落实和监督管理。
（二）工作机构
基本药物集中采购工作机构为北京市医药卫生集中采购服务中心（以下简称“采购中心”），负责基本药物的集中招标采购的具体实施。
四、重点任务
（一）制定和发布北京市基层医疗卫生机构用药补充目录
结合北京市用药特点和基层医疗卫生机构配备的要求，参照国家基本药物目录（基层医疗卫生机构配备使用部分）内容，合理确定北京市基层医疗卫生机构用药补充目录的品种（剂型）数量。
