州内二级医院。起付线200元（200元以下部分由个人自付）；200元以上部分减去目录外药品费用和不予补偿项目费用后，按60～65%的比例补偿，具体比例由各县市自行确定。
州内三级医院。起付线400元（400元以下部分由个人自付）；400元以上部分减去目录外药品费用和不予补偿项目费用后，按45～50%的比例补偿，具体比例由各县市自行确定。
省级医院。起付线600元（600元以下部分由个人自付）；600元以上部分减去目录外药品费用和不予补偿项目费用后，按40～45%的比例补偿，具体比例由各县市自行确定。
参合农民在州外政府举办的非定点医疗机构就医及非正常程序转诊住院的，其起付线在同级别定点医疗机构基础上可适度上调，补偿比例在同级别医疗机构基础上可适度下调，具体方案由各县市确定。
农村五保户住院取消起付线，在各级定点医疗机构住院费用补偿比例相应提高5-10个百分点；农村低保户住院，起付线降低50%。
起付线一年只计算一次，一年中同一病人在不同级别医院住院的，按最高级别医院计算。
参合农民全年累计最高补偿额度不超过30000元。
3、其他补偿。各县市要结合实际，积极开展特殊病种（慢性病）大额门诊补偿，对不用住院治疗、常在门诊就医、负担较重的特殊病种（慢性病）患者的大额门诊费用实行定额补偿，定额标准根据病种确定，最低不少于300元，最高不超过1000元。对参合农民实施白内障复明手术的病人，一次性补偿200～300元。纳入特殊病种（慢性病）补偿的病种以15种左右为宜。
对符合计划生育规定的孕产妇住院分娩实行定额补偿制度。平产每例补偿200元，剖宫产每例补偿400元。病理产科按住院补偿标准补偿。
六、运行要求
（一）切实加强组织领导。各县市人民政府要将新农合工作列入县市经济社会发展和新农村建设总体规划，列入重要议事日程，切实加强领导，做到认识到位、领导到位、责任到位、资金到位、工作到位。卫生、民政、人口计生、编制、人事、审计等相关部门要按照各自职责分工，协助配合，做好新农合各项工作。财政部门要将新农合管理机构的工作经费纳入年度预算，确保新农合工作机构正常运转。
（二）严格控制住院费用。一是控制次均住院费用。一般乡镇卫生院（含防保型卫生院）、中心卫生院分别控制在400元至600元、700元至900元；县市人民医院、中医院、妇幼保健院（所）分别控制在2500元至2800元、2000元至2300元、900至1200元；州人民医院、州肿瘤医院、州精神病院、州荣复医院、州民族中医院、州妇幼保健院分别控制在5500元、4500元、3500元、3500元、2600元、2500元以内。县市辖区内医院的次均住院费用由县市按以上要求在规定的区间内自行确定。二是控制药品价格。严格执行物价部门制定的药品价格，推行定点医疗机构新农合药品集中招标、统一配送、限价销售，确保药品安全、有效、价廉。三是严格目录外用药和自费诊疗项目签字制度。使用超出新农合基本药品目录的药物和自费诊疗项目，应当告知病人或其家属，并签字同意；对目录外药品费用实行限额，州内一、二、三级医院分别控制在5%、10%、15%以内。
