（一）实行“住院统筹＋其他补偿（含特殊慢性病门诊、定额住院分娩和体检）＋家庭门诊账户”补偿模式的基金分配，统筹基金（包括住院统筹基金和用于特殊慢性病门诊、定额住院分娩和体检费用的其他补偿基金）占当年可筹资总额的比例不低于85%，家庭门诊账户基金不高于15%。
（二）实行“住院统筹＋门诊统筹”补偿模式的基金分配，住院统筹基金占当年可筹资总额的比例不低于80%，门诊统筹基金不高于20%。
（三）风险基金由县市每年按当年筹资总额的3%左右提取，累计提取的规模应保持在当年筹资总额的10%，达到规模后，不再提取。动用风险基金必须按规定审批，风险基金动用后，于次年开始逐年提取补足。
五、补偿方案
（一）补偿范围。新农合基金补偿范围为参合农民的医疗费用补偿。除外责任、目录外用药、诊疗项目外费用不能纳入补偿范围；国家政策明确规定由政府承担的计划免疫接种、某些重大疾病防治、计划生育等有关卫生费用，不得在新农合基金中支付。计划生育手术后的用药费用可按新农合住院补偿政策进行补偿；将经省级食品药品监管部门批准生产的医院制剂纳入补偿范围，具体品种由县市确定；将牵引、针灸、推拿、拔罐等中医服务项目纳入统筹补偿范围。对中医药诊疗费用的补偿比例可在原基础上提高5个百分点。
（二）补偿模式。原则上继续实行“住院统筹＋其他补偿（含特殊慢性病门诊、定额住院分娩和体检）＋家庭门诊账户”补偿模式。具备条件的县市可实行 “住院统筹＋门诊统筹”试点。
（三）补偿标准。
1、门诊补偿。门诊补偿采取家庭账户的，以家庭为单位，由家庭成员共同使用，每户每年补偿额最高不得超过其家庭账户资金总额，年度有结余的可转入下年度使用，也可用于住院医药费用的自付部分，但不得冲抵下年度个人应缴纳的参加新农合费用。
门诊补偿采取门诊统筹的，门诊补偿以定点的乡镇、村两级医疗机构为主，每次就医补偿比例一般为20%～30%，对每次就医补偿和年度累计补偿分别设置封顶线。
2、住院补偿。参合农民在定点医疗机构住院，所发生的医疗费用按医院等级予以补偿，具体补偿标准为：
州内一级医院。起付线100元（100元以下部分由个人自付）；100元以上部分减去目录外药品费用和不予补偿项目费用后，按70～75%的比例补偿，具体比例由各县市自行确定。
