其中，市环境保护行政主管部门审批的建设项目，项目所在区县（自治县）环境保护行政主管部门应对该项目污染物排放总量指标来源以及替代削减方案予以书面确认，并作为环境影响评价文件的附件。
第七条 新增污染物排放量的工业项目，应按照建设项目审批程序报送环境保护行政主管部门。污染物排放总量控制符合审批要求的，由市及区县（自治县）环境保护局负责建设项目环评审批的处室或科室（以下简称建管部门）拟定文件，送本单位负责总量减排管理的处室或科室（以下简称总量管理部门）会签后，按相关规定审批。污染物排放总量控制不符合审批要求的，应由建设单位会同环环境影响评价文件编制单位等进行补充修改后重新上报审批。
总量管理部门会签文件后，应及时登录《重庆市主要污染物总量减排动态管理系统》，修改完善该项目涉及的总量指标。
第八条 区县（自治县）环境保护行政主管部门审批的建设项目，主要污染物新增排放量每年超过50吨的工业项目，区县（自治县）环境保护行政主管部门应将该项目环境影响评价文件和替代削减方案报市环境保护行政主管部门备案。
第三章 总量指标的调剂
第九条 建设项目所在区域、流域环境质量满足相应环境功能要求，所在区县完成总量减排任务，应实施的减排项目已落实，替代削减潜能已不能满足拟建项目需要，且该项目是市人民政府确定的重点建设项目的，其总量指标可以申请在全市范围内调剂解决。
第十条 需要申请在全市范围内调剂解决总量指标的项目建设单位应先向项目所在地区县（自治县）人民政府申请总量指标，项目所在地区县（自治县）人民政府再以书面形式向市环境保护行政主管部门申请调剂总量指标。
第十一条 区县（自治县）人民政府申请总量指标调剂应提交以下申请材料：
（一）《重庆市建设项目主要污染物总量指标调剂申请表》（见附）；
（二）《建设项目环境影响评价文件》（送审稿）；
（三）项目所在区县（自治县）人民政府关于申请主要污染物排放总量指标调剂的函；
（四）区域、流域环境质量状况等相关材料；
（五）涉及总量指标调剂的其他有关材料。
