第二阶段：分析检查。各级领导班子要认真查找与科学发展观要求不适应、不符合的突出问题，深刻进行剖析，理清发展思路。这一阶段重点抓好四个环节的工作。
　　找准突出问题。要本着“不怕亮丑、敢于揭短”的态度，采取多种方式广泛征求各方面意见，对照科学发展观四个基本内涵的要求，分类梳理影响和制约本部门本单位科学发展的突出问题；对照贯彻落实科学发展观必须加强和改进党的建设的要求，切实找准党员干部党性党风党纪方面群众反映强烈的突出问题。
　　召开专题组织生活会和民主生活会。组织所有党员参加以学习实践科学发展观为主题的组织生活会，针对自身在思想、工作和作风等方面存在的不适应、不符合科学发展观的问题，开展批评和自我批评。领导班子要召开检查科学发展观贯彻落实情况的专题民主生活会。每个班子成员要按照科学发展观要求，对照检查班子集体和个人在思想观念、能力作风、工作方法、思路举措、体制机制等方面存在的主要差距，深刻剖析影响科学发展的思想根源，撰写参加专题民主生活会的发言材料。
　　形成领导班子分析检查报告。各级领导班子和党员领导干部要在专题民主生活会的基础上，按照科学发展观的要求，对照“三把尺子”，对查找出来的城市管理工作中的突出问题进行分析检查，深入分析产生问题的主客观原因特别是主观原因，理清科学发展思路，形成领导班子贯彻落实科学发展观情况分析检查报告。从活动一开始，就要研究、明确分析检查的重点问题，要把分析检查与落实“解放思想、扩大开放”大讨论活动的整改工作衔接起来，确定新的目标，提出新的举措。
　　开展群众评议。将领导班子贯彻落实科学发展观情况分析检查报告在一定范围内进行通报、公布，组织党代表、人大代表、政协委员、有关专家、基层单位和服务对象、群众代表等进行评议，并根据评议意见进一步修改完善。
　　第三阶段：整改落实。各级领导班子要采取切实有效措施，着力解决存在的突出问题，建立完善体制机制。广大党员要积极建言献策，提出合理化建议。这一阶段重点抓好三个环节的工作。
　　制定整改落实方案。各级领导班子要充分运用贯彻落实科学发展观情况分析检查成果，制定整改方案。整改方案要突出重点，既要有近期整改事项，又要有中长期安排；既要有明确的整改目标和整改任务，又要有具体的整改措施；既要有明确的整改时限要求，又要有严格的整改工作责任制度。在制定整改方案和措施时，要特别注意理清科学发展的思路，制定切实可行的科学发展规划，明确促进科学发展的政策措施。

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