协调指导小组由重庆市科委、市财政局、市国税局及市地税局组成，办公室设在市科委；组织推荐机构设在各区（市）县科技行政管理部门和北部新区、西永微电子园区、大学科技园区管理部门；咨询受理中介机构是指认定机构认可的协助受理申报材料并为企业提供申报咨询的机构，咨询受理中介机构原则上只设置一家；财务中介机构是指经认定机构认可的会计师事务所或税务师事务所。认定机构对咨询受理中介机构和财务中介机构实行动态化管理，每年认定一次，并在网上公布认定结果。
第七条 职责
（一）认定机构
协调指导小组负责指导、管理和监督高新技术企业认定（复审）工作，并对认定（复审）中的重大事项进行决策，协调指导小组办公室在协调指导小组指导下承担高新技术企业认定管理的日常工作，具体职责包括：
1、负责重庆市范围内高新技术企业认定工作；
2、接受企业提出的高新技术企业资格复审；
3、负责对已认定企业进行监督检查，受理、核实并处理有关举报；
4、负责高新技术企业咨询中介机构和财务中介机构的认定与监管；
5、选择参与高新技术企业认定工作的专家并报国家高新技术企业认定管理工作领导小组办公室备案。
（二）组织推荐机构
负责组织本区域内高新技术企业申报、推荐工作；完成市认定机构交办的其它工作。
（三）咨询受理中介机构
负责高新技术企业申报咨询，受理申报材料并对申报材料的完整性等进行形式审查。
（四）财务中介机构
接受企业委托，依据相关办法客观公正地对企业的研究开发费用、高新技术产品（服务、技术）收入以及年度财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表）进行审计并出具审计报告。
第三章 申请条件
第八条 申请高新技术企业认定须同时符合下列条件：
（一）在重庆市行政区域内注册的企业，近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权。
（二）产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的电子信息技术，生物与新药技术，航空航天技术，新材料技术，高技术服务业，新能源及节能技术，资源与环境技术，高新技术改造传统产业八大高新技术领域范围。
