第十三条 行政效能监察的程序为：调查摸底，选题立项；查清问题，找出原因；提出建议，奖优罚劣；针对问题，改进管理；督促落实，总结提高。
（一）选题立项。通过调查摸底，综合分析研究，可选择群众反映较大，问题比较突出，在坚持可行、可能的原则下，提出选题立项建议，报请领导批准后组织实施。
（二）查清问题。通过查阅文件、资料和账册、凭证，向知情人询问等方式核实情况，必要时采取案件调查取证的手段，搞清存在的问题并找出原因。
（三）提出监察建议。通过监督检查，对于忠于职守，业绩显着，为单位做出明显成绩，或取得显着社会效益，避免重大事故发生或挽回重大影响的人员，给予表彰。针对存在的问题、薄弱环节等提出监察建议。必要时采取下达监察决定或建议书的方式，经领导批准后责成有关单位或业务部门严格执行，落实改进措施，并报告执行结果。对严重官僚主义、工作不负责任或因盲目决策，不依法行政、失职渎职造成重大经济损失、责任事故及其他后果的，按有关规定和程序给于党纪、政纪处分。
（四）改进管理。各单位、部门根据监察建议，结合监督检查中发现的问题和不足，研究改进管理、提高效能的具体措施，完善制度，落实责任。
（五）总结提高。效能监察项目结束后，要及时督促检查落实整改措施和奖惩的情况，并对监察项目的效果进行评估，要避免不了了之或原有问题出现反弹，切实达到加强和改进管理的目的。
第十四条 在行政效能监察过程中，要按照《中华人民共和国监察法》的规定，充分运用检查权、调查权、建议权和相应的行政处分权，根据工作进展情况和实际需要，及时提出监察建议或做出监察决定。
第十五条 对监察部门提出的监察建议，被监察单位和有关人员，若无正当理由须予以采纳。对监察决定，被监察单位和有关人员要认真执行。
第十六条 监察部门在对确定项目进行行政效能监察之后，应对效能监察工作过程中的有关资料，按一项一册的要求，完成归档。
第四章 效能监察的组织领导
第十七条 行政效能监察工作在厅党组的领导下开展，实行由各级行政一把手负总责，分管行政领导具体负责，纪检监察机构组织协调，有关部门分工合作、各负其责、齐抓共管，干部、职工群众积极参与的工作机制。
