二、内设机构根据上述职责，自治区水产局机关设5个内设机构：
（一）综合处负责局机关日常行政工作；组织协调机关各处（室）工作；负责文秘、档案、机要、信息、保卫、收发、宣传、接待、印章管理等工作；负责局机关的人事、教育、外事等工作；负责全区水产行业安全生产工作；负责局机关固定资产管理、后勤服务保障和离退休干部管理工作；承办局领导交办的其他工作。
（二）计划财务处研究拟定自治区中长期渔业发展规划和年度计划；组织实施渔业行业投资项目建设、项目的日常监督检查及竣工验收等工作；负责指导全疆水产系统财务管理工作，部门预算的编制和落实；承办局机关的财务工作。
（三）养殖与产业发展处研究提出自治区水产养殖业发展规划，指导自治区渔业产业结构调整；组织自治区渔业科技发展战略研究，承办渔业重大科研和推广项目的实施；组织开展渔业标准化工作：组织和实施水产原良种场的建设和管理，养殖证制度建设工作；负责水产苗种生产管理，水产养殖业管理，水产品质量安全管理及水生动物疫病防疫；参与起草有关地方性水产养殖用药的法律法规及技术性规范；归口管理防灾减灾工作；负责自治区渔业统计工作；负责自治区水产系统技术人员培训工作；协调渔业社团的管理工作。
（四）渔政管理处（新疆维吾尔自治区渔政管理总站、新疆维吾尔自治区渔政监察总队）监督检查国家渔业法律、法规及地方性渔业法规的贯彻执行；参与起草地方性渔业法规；依法处理渔业纠纷，组织重大渔业污染事故的调查处理，参与涉渔工程环境影响评价，野生动物保护案件查处；负责渔业行政处罚案件复议工作，组织渔业法律、法规的宣传和执法人员的上岗培训工作；依法开展渔业许可制度，承办相关证件，承担渔业诉讼案件的委托鉴定；负责自治区国际河流渔业资源的开发、利用和保护等管理工作；负责渔业涉外项目管理，协调自治区与有关国际渔业组织和机构的合作与交流事务。
（五）渔船渔港处（新疆维吾尔自治区渔业船舶检验局）负责自治区渔业船舶检验工作的协调、指导及监督管理；负责渔业船舶检验及渔业安全生产监督管理，渔业船舶检验机构业务范围初审及监督管理；验船师培训、继续教育和考核管理工作；负责辖区内24m以上内河渔业船舶的设计图纸审查及监督检验和发证工作；负责渔业船舶船用产品监督检验和发证；承担主管机关委托的渔业船舶设计单位资格认定、渔业船舶候选单位资格认定、渔业船舶船用产品型式认可、渔业船舶船用产品工作（部件、材料）认可等管理工作；负责渔业船舶检验统计及汇总上报；依法行使渔港的监督与管理。
三、人员编制和领导职数自治区水产局机关暂定事业编制29名，其中：局领导职数4名，处级领导职数10名。
