（十三）边检部门简化台湾客运班轮入出境边防检查手续。台湾居民入出境免填登记卡；入境客轮与旅客同步检查，船舶靠岸后无特殊情况即可下客，做到必要的船体检查不影响旅客正常入出境。
（十四）边检部门推行货运船舶预检制度。除特殊规定的船舶外，其他直接往来船舶入境靠泊前，船方或代理可通过网上报检系统或其他方式进行预报，边检实施预检并确认正常后，通知船舶到港即可装卸作业、上下作业人员。
（十五）海事部门对于运输台资企业生产资料和产品的船舶实行优先受理、优先办结、优先安排护航；对于服务台资企业所属渔船的船员或渔工，优先办理相关手续。
（十六）海事部门开辟运输台湾水果等农产品船舶快速查验通道，实行预约服务制，查验手续随到随办，保证运输此类产品的船舶在港“零待时”。
三、优化监管模式
（十七）海关实行凭保放行制度。因归类、审价等原因正在上报归类问答、磋商、询价、取样化验的货物，台资企业如急需提取货物，可以提出申请，经海关批准后，可凭保证金或银行担保、网上支付和网上支付银行担保等方式提前放行货物。台资企业可以根据与上游（或下游）企业的合同协议情况，在一份电子账册或电子化手册有效期和数量范围内一次性向主管海关办理深加工结转审批手续。
（十八）鼓励台资企业用足特殊监管区域优惠政策。指导、推动关区台资企业设立保税仓库、出口监管仓库，利用其政策优势化解经营风险、降低经营成本。鼓励、指导关区台资企业充分利用特殊监管区域的政策优势和功能优势，开展深加工结转、物流配送、出口集拼等业务，加快物流运作，享受入区退税政策，降低经营成本。鼓励台资企业进入海关特殊监管区域经营相关业务，享受相应优惠政策。
（十九）积极扶持高端制造业台资企业的发展。对技术含量高、附加值高、产业链长的高端制造企业实行“量体裁衣”式通关监管。完善试行特殊行业保税加工监管模式，在开展风险管理的基础上简化相关手续。
（二十）实施风险程度动态管理。检验检疫部门优先考核或推荐台资企业取得出口生产企业检验检疫一、二类分类管理资格。针对台资企业各种食品不同特性和输入国家或地区的不同要求，在风险分析的基础上，减少检测环节和风险较小项目，减轻企业检测费用负担。对台湾进口货物抽批查验、集中查验，确保在监管到位的同时快速通关。
