在代开票时已征收的属于法律法规规定的减征或者免征的营业税及城市维护建设税、教育费附加、印花税、所得税以及高于法律法规规定的城市维护建设税税率的税款，在下一征期退税。具体退税办法按《国家税务总局 中国人民银行
财政部关于现金退税问题的紧急通知》（国税发〔2004〕47号）执行。
（三）严格按规定征收定额税款。为避免重复征税，对实行定期定额征收方法的代开票纳税人，按月或按季对代开票纳税人缴纳的定额税款和代开票税款进行清算。如代开票取得完税凭证上注明的税款大于定额，以开票时缴纳的税款为准，不再征收定额税款；如代开票取得完税凭证上注明的税款小于定额，则补缴定额与代开票取得完税凭证上注明的税款差额部分。
（四）规范实行承包、承租、挂靠方式经营的纳税人的管理。
1.纳税义务人的确定。应严格按照《关于明确建筑业、交通运输业和房地产业有关
营业税问题的通知》（渝地税流便函〔2008〕3号）第
二条的规定确定“交通运输业”营业税纳税义务人。
2.规范征收管理方式。以出包方、出租方、被挂靠方为营业税纳税义务人的，应根据出包方、出租方、被挂靠方的财务核算状况，确定征收管理方式；以承包人、承租人、挂靠人为营业税纳税义务人的，实行定期定额征收管理办法，定额标准应严格按照《重庆市地方税务局关于加强货物运输车辆营业税征收管理的通知》（渝地税发〔2002〕296号）规定执行，其定期定额税款可由主管税务机关委托出包方、出租方以及挂靠方或其他有关管理部门代征。
（五）代开票的范围仅限于机构地在本区县的提供货物运输劳务的单位或车（船）籍地在本区县的提供货物运输劳务的个人。承运人在回程承揽业务的，可在承揽业务地主管地税机关申请开具货物运输发票，但应提供本通知第四条第一款规定的有关资料，完税后方可开具。
（六）代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。
五、相关业务问题
（一）严禁货物运输企业以该企业名义为承包、承租、挂靠人开具货物运输发票（车籍或船籍属于该企业，且具备《
货物运输业营业税征收管理试行办法》第
三条第三款条件的除外），对违反规定者，具有自开票纳税人资格的运输企业一律取消其资格，并按《
中华人民共和国税收征收管理法》和《
中华人民共和国发票管理办法》的有关规定进行处罚。对有虚开货物运输发票行为（指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开行为之一）的，除按上述规定进行处罚外，还应根据实际情节，对构成犯罪的要依法移送司法机关追究刑事责任。
