2.开展纳税评估，实行税额监控。要积极有效开展货物运输业纳税评估工作。对于自开票纳税人，特别是频繁发生联运业务的自开票纳税人，应根据已掌握的纳税人自备运输工具核定载质量（车）或净吨位（船）、业务饱和度和本辖区内每吨车（船）月平均营业收入警戒值等，确定其自有运力的运输收入月度综合警戒线的低限和高限，并以此确定纳税人的月度营业税警戒值的低限和高限，在纳税申报时进行严格审核。对每月申报缴纳营业税税额超过限额的，特别是超过高限的，主管税务机关必须派员到户审核检查，并形成审查工作底稿。
3.严格纳税申报审核。在受理纳税申报时，应严格按照总局《公路、内河货物运输业发票税控系统营业税“票表比对”及货物运输发票稽核比对管理操作规程（试行）》（附件3）的要求进行票表比对。对于票表比对异常的，应严格按照规定区别不同情况进行处理。
（三）对货物运输企业进行认定、年审及日常审验时，凡发现下列情况之一， 应坚决取消（或不得认定）自开票纳税人资格。并按《
中华人民共和国税收征收管理法》有关规定进行查处。
1.弄虚作假骗取自开票资格的；
2.未按税务机关的要求正确核算营业收入、营业成本、税金、营业利润的；
3.不能按规定向税务机关进行正常纳税申报和缴纳各项税款的；
4.有偷税、抗税行为的；
5.不能按规定保管或使用发票的；
6.违规对货物运输和非货物运输业务都开具货物运输业发票的；
7.违规虚（代）开货物运输发票的；
8.自备运输工具总运力与货物运输收入不匹配的；
9.不能按要求进行数据采集或报送资料的。
（四）加强自开票纳税人联运业务的税收监控管理。发生联运业务自开票纳税人应按月向主管税务机关报送“货物运输业营业额减除项目清单”（附件4），同时将营业额减除票据抵扣联原件报送主管税务机关查验；对于单笔货物运输业营业额减除达到1万元（含）以上的，主管税务机关还应查验其联运业务相关合同资料原件。自开票纳税人在进行纳税申报之前，应将营业额减除票据抵扣联原件装订成册，每100份装订成一册，当期未满100份的以实际取得的份数装订成册。
主管税务机关要认真做好货物运输业营业额减除票据抵扣联的审核工作。对营业额减除项目的真实性、合法性进行全面核查。不符合规定的，不得允许进行营业额的减除。在接收自开票纳税人纳税申报表及“货物运输业营业额减除项目清单”时，要认真查验票据抵扣联原件，并核对票据抵扣联原件载明的运费金额合计、“货物运输业营业额减除项目清单”记载运费汇总金额、纳税申报表本期减除的营业额是否一致。如不一致，应要求纳税人自行调整。
