三、强化自开票纳税人的管理
（一）严格自开票纳税人的认定和年审
1.要严格按国家税务总局印发的《货物运输业营业税纳税人认定和年审办法》（附件1）和《
公路、内河货物运输业税收管理操作规程》（附件2）的规定对货物运输企业进行认定和年审。在认定或年审时，货物运输企业可提供具备相关资质中介机构出具的《财务状况审查报告》说明其财务核算情况；未提供《财务状况审查报告》的，主管税务机关必须派员实地调查了解并制作《调查工作底稿》说明其财务核算情况。《财务状况审查报告》和《调查工作底稿》应详细载明帐簿设置是否齐全，能否按财务会计制度的要求正确核算营业收入、营业成本、税金和营业利润，能否按规定妥善保管、使用发票和向税务机关进行纳税申报和缴纳各项税款等情况。凡《财务状况审查报告》和《调查工作底稿》反映出货物运输企业财务核算不准确的，管理部门应向稽查部门提出建议稽查。
2.要严格对申请认定为自开票纳税人的新办货物运输企业进行把关，加强对新办货物运输企业的纳税辅导。辅导期一般为三个月，辅导期满并符合其他条件的才能认定为自开票纳税人。在辅导期内，新办货物运输企业应到主管税务机关代开货物运输发票。主管税务机关要对其实际经营、财务核算、发票使用和保管以及申报纳税等情况进行辅导和审查。货物运输企业提出自开票纳税人认定申请时，其实际经营或办理工商登记期限不足一年的，视为新办货物运输企业。
3.年审工作开展的时间。货物运输自开票资格的年审工作应按照总局规定并结合本区县的实际情况，与所得税汇算清缴等工作一并开展，但最迟不得超过次年5月底。
（二）严格自开票纳税人的后续管理，加强日常跟踪监督管理。对自开票纳税人，必须强化发票管理、纳税申报、税款征收、财务核算的日常审验工作。
1.充分利用税控，强化开票监控。全市货物运输业自开票纳税人开票监控数据的计算标准实行统一。每吨车（船）月平均营业收入警戒值的高限幅度范围为：公路运输每月每吨（按核定载质量计算）4000-6500元，水路运输每月每吨（按净吨位计算）350-550元。
各区县局应结合本地运输市场的车（船）月平均营运能力，在市局确定的营业收入警戒值幅度内，确定本辖区每吨车（船）月平均营业收入警戒值，并报市局备案。对自开票纳税人，主管税务机关应根据已掌握的纳税人自备运输工具核定载质量（车）或净吨位（船）、业务饱和度和本辖区月平均营业收入警戒值等，确定其月累计正数发票开具限额等监控信息，充分发挥货物运输税控系统和税控器具对开票行为的监控作用。对开票金额或自有运力的运输收入超过限额的，主管税务机关必须派员到户对其开具的发票、开票凭据（合同、协议、托运单）、资金往来等情况进行审核检查，并形成审查工作底稿。
