九、第十三条第二款修改为：“因占用农灌水源、排灌设施以及水工程管理范围内其他自然资源造成经济损失的，占用单位和个人应当依法补偿。”
十、第二十条中“水利工程管理者应当服从水利工程管理调度和保护的规定”，修改为：“水工程管理单位应当依照水工程管理调度和保护的规定”。
十一、第二十一条修改为：“国有中小型水工程和非国有水工程，可以依法转让、租赁、承包；改变原设计主要功能的，应当按照国家有关规定，报水行政主管部门批准。”
十二、第二十二条修改为：“国家所有的水工程通过租赁、承包和转让回收的资金，纳入水利建设基金管理，用于水工程建设；集体所有的水工程通过租赁、承包和转让回收的资金，应当用于当地水利基础设施建设。”
十三、第二十五条修改为：“违反本条例第十条规定的，责令停止违法行为，限期拆除违法建筑、清除障碍或者采取其他补救措施；逾期不拆除、不清障的，强行拆除、清障，所需费用由违法单位或者个人承担，并处以五万元以下的罚款；有违法所得的，没收违法所得。”
十四、第二十六条修改为：“违反本条例第十一条第二项、第三项、第四项规定的，责令其停止违法行为，限期采取补救措施，并处以五万元以下的罚款，有违法所得的，没收违法所得； 造成损失的，依法承担赔偿责任。
“违反第十一条第五项、第七项规定的，责令停止违法行为，采取其他补救措施，并处以一万元以上五万元以下的罚款；应当给予治安管理处罚的，由公安机关依照
治安管理处罚法的规定予以处罚。”
十五、增加一条，作为第二十七条：“违反本条例第十二条第一项、第二项规定的，责令停止违法行为，限期拆除违法建设项目、清除障碍或者采取其他补救措施；逾期不拆除、不清障的，强行拆除、清障，所需费用由违法单位和个人承担，并处一万元以上五万元以下的罚款；有违法所得的，没收违法所得。
“违反第十二条第三项规定的，责令停止违法行为，限期拆除违法建设项目、清除障碍或者采取其他补救措施；逾期不拆除、不清障的，强行拆除、清障，所需费用由违法单位和个人承担，可处以二万元以下的罚款。”
十六、增加一条，作为第三十二条：“本条例所称水工程，是指在江河、湖泊和地下水源上开发、利用、控制、调配和保护水资源的各类工程，包括河道、堤防、水库、水闸、泵站、水电站、渡槽、沟渠、塘坝、机电井等各类工程和设施。”
