三、目前存在的主要问题
（一）压舱水监管的法律体系尚不完善。目前，我国关于船舶压舱水排放的相关法律规定甚少。《
中华人民共和国国境卫生检疫法实施细则》第
七十八条第六款规定：“……装自霍乱疫区的压舱水，未经消毒，不准排放和卸下。”《
中华人民共和国防止船舶污染海域管理条例》和《
中华人民共和国海洋环境保护法》的有关条文则对油轮压舱水的排放地点、排放量和瞬时排放率等作了一些限制，但主要是从防污和船舶安全的角度出发的。目前尚无针对有毒赤潮藻等外来生物入侵的压舱水监测规定和法律应对措施。
（二）部分船舶的压舱水管理状况不佳，造成局部区域的船舶压舱水无序排放。对国际航行船舶的压舱水管理情况进行调查表明：绝大多数的被调查船舶都宣称船上有符合《控制和管理船舶压舱水使有害水生物和病原体的转移降至最小程度指南》（国际海事组织第A.868（20）号决议）的压舱水管理计划，并遵照执行。然而，研究人员查阅了一部分船舶的航海日记和压舱水测量记录等文书后发现，有相当比例船舶仅是做了书面工作，特别是航线较短的船舶，在实际执行中马虎了事，甚至或根本没有执行计划。厦门检验检疫局曾在两艘外籍集装箱船舶上发现，该两轮向厦门检验检疫局申报压舱水动态时一贯声明不排放压舱水，然而其压舱水测量记录清楚地显示它们几乎每隔1-2个星期就要在厦门港排放一次压舱水，这样的状况持续出现一年。有航运业内人士称，类似的情况并不少见，在中国其他港口，甚至在世界上许多其他的港口，都有这类现象发生，究其原因，主要是船方为避免因压舱水卫生处理而发生的费用。另外，在坞修理的船舶常需清洗压载舱，然而厦门检验检疫局在调查中了解到，绝大多数的船舶在清洗过程中都直接将污泥水通过压舱水排放口排入海中。
上述这些船舶压舱水管理状况不佳，并导致局部区域压舱水无序排放，增加了压舱水传播外来有害水生生物和病原体的风险。
（三）压舱水监测措施存在一些技术瓶颈。
1、样品采集受限。对一些位置较深或载水量较少的水舱（如双层底舱），由于吸程过长，而且无法打开人孔，无法取得压舱水样品或难以获得足够量的样品。
