4.纳税人与其关联企业之间的业务往来未按独立企业之间的业务往来支付四项成本的；
5.主管税务机关认为应核定四项成本的其他情况。
主管税务机关依本通知规定核定四项成本的，中介机构受纳税人委托对房地产开发项目土地增值税清算进行鉴证时，应当按《扣除额度表》的四项成本金额填列《鉴证报告》。
二、关于进一步做好土地增值税清算工作的具体要求
各征收局应当按以下要求，进一步做好土地增值税清算工作：
1 关于2002年后的房地产项目的清算管理
各征收局应当于2008年12月31日前，对2002年1月1日后发生过转让房地产收入，并于本通知下发之日前竣工验收且全部销售完毕的房地产开发项目进行土地增值税清算。
2 关于未销售完毕的房地产项目的清算管理
各征收局应当对下列房地产开发项目进行土地增值税清算：
1.纳税人开发的房地产开发项目已通过竣工验收，已销售（预售）的房地产开发建筑面积达到可销售的总建筑面积85％（含）以上，并有可能造成税款流失的；
2.取得《商品房销（预）售许可证》满三年仍未销售完毕，并有可能造成税款流失的。
3 关于免予预缴土地增值税的房地产项目的清算管理
已由税务机关认定免予预缴土地增值税的项目，有下列情况之一的，应当对其进行清算，且原则上应于2008年12月31日前完成清算：
1.商品房全部销售完毕的；
2.已售面积超过可售面积85%（含）以上的；
3.取得《商品房销（预）售许可证》已满三年的。
已由税务机关认定免予预缴土地增值税的项目，有下列情况之一的，应当由主管税务机关填写《房地产开发项目土地增值税恢复预征确认表》（见附件3），报市局核准后，可恢复预征土地增值税：
1.主管税务机关根据当期房地产市场的价格及开发成本、费用，预计其普通标准住宅的增值额将超过扣除项目20%或非普通标准住宅、非住宅将有增值额的；
2.主管税务机关发现纳税人经政府相关部门同意，改变了房地产项目类型，已不适用房地产开发项目免预征土地增值税相关政策的。
3.关于合并计征土地增值税的规定
主管税务机关同时对同一纳税人开发的不同项目的土地增值税清算完毕的，可合并征收或退还应补缴（退还）税款。
4.关于清算档案的管理
主管税务机关应当将清算资料按项目立卷归档。房地产开发项目清算完毕后，主管税务机关应当于房地产开发项目清算完毕之日起30日内，将清算情况报告市局。
5.关于对税务中介机构从事清算鉴证业务的相关要求
纳税人委托税务中介机构对房地产开发项目土地增值税清算进行鉴证的，税务中介机构应当以法律法规为依据，按照独立、客观、公正的原则，在获取充分、适当、真实证据基础上，根据审核鉴证的具体情况，出具真实、合法的鉴证报告并承担相应的法律责任。
6.关于调整土地增值税清算相关文书的要求
自本通知下发之日起，房地产开发项目的土地增值税清算审核结束后，主管税务机关不再出具《房地产开发项目土地增值税清算结论通知书》。
7.关于土地增值税清算检查工作的要求
各稽查局应当根据市局的统一部署，自2009年起对以前年度已清算完毕的房地产开发项目进行检查。各稽查局应当认真研究制定土地增值税清算检查工作计划和实施方案，统筹安排检查时间，合理调配检查力量，科学筛选检查对象，明确检查重点和检查要求。
三、关于实施土地增值税税源监控工作的要求
（一）对土地增值税税源实行全面监控
各征收局要对所辖的房地产开发企业进行税源调查摸底，建立土地增值税税源电子数据库。对2002年1月1日后发生过转让房地产收入的房地产项目，要按项目建立土地增值税电子数据台账，并按季度更新《房地产开发项目土地增值税税源信息表》（见附件4），土地增值税清算完毕后，可终止登记。
各征收局应于2009年1月15日前，对2002年1月1日后发生过转让房地产收入的项目进行土地增值税税源调查，填列《土地增值税税源情况统计表》（见附件5）及文字总结材料报送市局。
自2009年7月起，各征收局应于每年1月1日至15日、7月1日至15日填制《土地增值税税源情况统计表》，将半年数据及文字总结材料报送市局。
（二）做好对重点税源户的监控
根据《
国家税务总局关于建立土地增值税重点税源户监控制度的通知》（国税函[2007]544号）要求，市局决定对我市10户重点税源户实施监控（名单见附件6）。各征收局应对重点税源户开发的、且在2002年1月1日后发生过转让房地产收入的项目进行数据统计，于2009年1月15日前，按户填写《全市土地增值税重点税源户监控信息表》（见附件7）报送市局。自2009年7月起，各征收局应于每年1月1日至15日、7月1日至15日按户填制《全市土地增值税重点税源户监控信息表》，将重点税源户开发项目的半年数据报送市局。市局将根据工作安排适时调整重点税源户监控对象。
在此基础上，各征收局还应根据实际情况，再确定不少于3户的重点税源户并自行做好监控。
四、关于进一步推进土地增值税清算的工作要求
（一）各基层局要根据市局的工作部署，统一思想、提高认识，加强对房地产开发项目土地增值税清算工作的领导，严格依法征税、坚持应收尽收，有计划、有步骤地全面推进本局清算工作的开展，切实将各项政策贯彻落实到位。
各征收局应当根据本局情况，抽调业务骨干组成清算组，在一定时间内，专门从事土地增值税清算工作。
（二）各基层局要对房地产开发企业和税务中介机构进行土地增值税清算政策培训，做好政策宣传和辅导工作。
（三）各基层局应当加强调查研究，及时总结经验，定期汇总报告清算工作进展情况，反馈清算过程中发现的具体问题，提出政策建议，不断改进和完善土地增值税征收管理工作。
