自2008年起至2012年，市政府每年在市财政预算中安排不少于5000万元的航道建设专项基金，与省航道建设专项基金相配套，主要用于补助由市级承担的航道、船闸等水运基础设施建设方面的有关费用。
（二）港口生产经营性设施建设资金由港口企业自筹解决。港口公用基础设施（含疏港公路及公用锚地、服务区等）建设，除积极争取国家及省交通厅资金扶持外，其余建设资金缺口部分由市承担20%，所在区（县）承担80%。
（三）支持保障系统建设，除积极争取交通部、省交通厅等部门资金补助外，缺口部分市补助50%，建设单位筹措50%。
四、政策扶持
（一）加强规划统筹，完善港口水运规划体系，做好港口水运规划与其它相关规划的有效衔接并纳入城市总体规划。推进港口岸线资源整合，提高岸线使用效率，做好港口岸线的合理开发、利用及保护。
（二）优先保障港口、航道、船闸等水运基础设施建设用地。其规划及建设用地要纳入城乡建设规划和土地利用总体规划并优先予以保证。
（三）切实降低水运基础设施建设成本。对港口、航道、船闸等公益性水运基础设施项目建设用地按照最低标准缴纳相应规费。重点港口项目及重大物流项目，免征城市基础设施配套费等费用。
（四）市发改委、规划、国土、水利、环保、农林、建设、税务、公安、广电、金融、供电、新闻媒体等部门和单位，在法律和政策许可的范围内，为全市水运基础设施项目建设提供便利条件和良好服务。各有关部门应及时做好项目审批过程中行政许可手续的办理工作，重点水运项目可特事特办，简化审批手续。
（五）水运项目所在地的区（县）人民政府，要积极配合做好项目前期、建设阶段的各项工作，负责做好征地、拆迁、杆管线迁移等工作，保障配套资金及时到位，协调解决地方矛盾。
（六）优化口岸环境。推行“5＋2”全天候通关和一站式通关，简化通关流程，提高通关效率。同步规划和建设口岸查验配套设施。加大资金投入，加快电子口岸建设，实现口岸管理现代化。
五、组织保障
为加强水运发展工作的组织领导，市政府成立南京市加快水运发展领导小组（组成人员名单附后）。领导小组办公室设在市交通局，娄学全同志兼任办公室主任。
