实施太湖生态清淤工程的目标任务是：根据国家总体方案规划，经省发展改革委核定，今后五年，我省拟清淤面积97.51平方公里，清淤土方量3541万立方米。其中，竺山湖24.14平方公里、清淤土方865万立方米，梅梁湖47.43平方公里、清淤土方1721万立方米，贡湖12.34平方公里、清淤土方411万立方米，东太湖13.6平方公里、清淤土方544万立方米。年度计划安排：2008年度，完成贡湖水源地二期、竺山湖和梅梁湖部分湖区共16.01平方公里的清淤面积，清淤土方572万立方米；2009年度，完成竺山湖、梅梁湖和东太湖部分湖区共20.2平方公里的清淤面积，清淤土方758万立方米；2010年度，继续实施竺山湖、梅梁湖和东太湖部分湖区共16平方公里的清淤面积，清淤土方620万立方米；2011至2012年度，完成梅梁湖和竺山湖30.3平方公里的清淤面积，清淤土方1089万立方米的任务。
三、工程标准
太湖清淤应当采用生态、环保的方式和施工技术，尽可能减少对湖泊生态系统的干扰和其他不利影响；有效控制清淤深度，以清除表层污染严重的游离淤泥为主；疏浚设备选型应当采用环保绞吸式器具，避免大面积水体污染；清除的淤泥应当实施资源化利用；余水处理应当符合环保要求，防止次生污染。
四、责任分工
沿湖各市、县（市、区）人民政府是太湖生态清淤的责任主体，涉及同一湖区不同行政区域的由相临行政区政府协调同步实施。必要时，由上级水行政主管部门进行协调。
太湖生态清淤工程的前期工作，由工程所在市、县（市、区）人民政府委托有资质的单位编制清淤项目初步设计等文件，按基本建设程序审批；省发展改革委会同省水利厅制定年度计划并负责项目审批；省财政厅负责省级补助经费的拨付和监督管理；省水利厅负责组织施工设计技术审查，加强施工技术指导和质量监督，会同有关部门组织工程验收、考核。省各有关部门按照职责分工，做好相关工作。
五、资金筹措
太湖生态清淤工程量大、涉及面广，相关市、县（市、区）政府要切实保证生态清淤工程资金投入。列入《总体方案》和《工作方案》并经省审批的太湖生态清淤工程，按照项目投资规模的50％安排省级补助资金（开发性疏浚清淤工程除外），并积极争取国家加大支持补助比例。各地要积极开展淤泥资源化利用，努力降低清淤工程成本。
