市卫生局：负责疫区内人员防护有关标准的制定和技术指导、高危人群的预防和医学观察以及人间疫情监测工作。
市工商局：负责做好疫区、受威胁区内动物及动物产品交易市场监管工作以及对可能出现流动的病畜产品的追踪收缴。
包头出入境检验检疫局：负责做好出入境动物及动物产品的检验检疫工作，防止疫病的传入传出；及时收集、分析境外重大动物疫情信息，并及时向应急指挥部报告有关情况；依法确保应急物资的产品质量，参与制定重大动物疫情处置的相关技术标准。
民航包头机场：配合动物防疫监督机构在突发重大动物疫情时进行动物及动物产品的堵截、检疫，保障突发重大动物疫情应急处理人员以及防治药品、器械等应急物资和有关样本的运送，确保安全、快速。
呼铁局包头地区办事处：配合动物防疫监督机构在突发重大动物疫情时进行动物及动物产品的堵截、检疫，保证突发重大动物疫情应急处理人员以及防治药品、器械等应急物资和有关样本的运送，确保安全、快速，防止疫病扩散。
包头军分区后勤部：负责军队系统突发重大动物疫情应急处理工作，协调边防部队等军队有关防疫资源，支援自治区突发重大动物疫情报告、边境监测等应急处理工作。
武警包头支队：组织指挥武警部队参与突发重大动物疫情的应急处理行动，配合公安部门参与做好疫区封锁、疫点内动物的扑杀工作。
其他有关部门根据本部门职责和突发重大动物疫情应急处理的需要，组织做好相关工作。
指挥部办公室设在市农牧业局，负责按照指挥部要求制定具体防治政策，部署扑灭突发重大动物疫情工作，并督促各旗县区和各有关部门按要求落实各项防治措施。
2.1.2 旗县（区）级突发重大动物疫情应急指挥部的组成和职责
旗县（区）级突发重大动物疫情应急指挥部由本级人民政府有关部门组成，人民政府主要领导担任总指挥，分管领导担任常务总指挥，负责对本行政区域内突发重大动物疫情应急处理的指挥，做出处理本行政区域内突发重大动物疫情的决策。
2.2 日常管理机构
包头市兽医行政管理部门负责全市突发重大动物疫情应急处理的日常管理工作。其主要职能是：依法组织协调有关突发重大动物疫情应急处理工作；负责突发重大动物疫情应急处理相关规章制度的起草工作；组织提出突发重大动物疫情应急处理的方针、政策和措施；组建与完善重大动物疫情监测和预警系统；制订突发重大动物疫情应急预案，组织模拟演练；组织对兽医专业人员进行突发重大动物疫情应急知识和处理技术的培训，指导各地实施突发重大动物疫情应急预案。
旗县区兽医行政管理部门要负责本行政区域内突发重大动物疫情应急处置的日常管理工作。
2.3 专家委员会
包头市兽医行政管理部门组建突发重大动物疫情专家委员会，具体职责：
（1）对突发重大动物疫情相应级别采取的技术措施提出建议；
（2）对突发重大动物疫情应急准备提出建议；
（3）参与制订或修订突发重大动物疫情应急预案和处置技术方案；
（4）对突发重大动物疫情应急处理进行技术指导、培训；
（5）对突发重大动物疫情应急反应的终止、后期评估提出建议；
（6）承担突发重大动物疫情应急指挥部和日常管理机构交办的其它工作。
旗县区兽医行政管理部门可根据本行政区域内突发重大动物疫情应急工作需要，组建本级突发重大动物疫情应急处理专家委员会。
2.4 应急处理机构
2.4.1 农牧部门：主要负责受疫区动物及其产品生产、贮藏、运输和销售等活动进行防疫监督及对受威胁区动物疫情的控制和扑灭工作；制定紧急防疫物资储备计划，按计划储备疫苗、药品等物资，建立紧急防疫物资储备库；评估疫情处理及制定防疫物资使用计划，培训防疫人员，组织成立疫情处理预备队，组织开展防病灭病宣传工作；负责突发重大动物疫情的监测、预报和报告；开展现场流行病学调查与临床诊断和实验室鉴定，划定疫点、疫区和受威胁区，提出封锁及解除建议；对封锁、隔离、紧急免疫、扑杀、无害化处理、消毒等措施的实施进行指导和落实。
2.4.2 出入境动物检验检疫机构：发生突发重大动物疫情时，负责加强对出入境动物及动物产品的检验检疫、疫情报告、消毒处理、流行病学调查和宣传教育等。
