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旗县级以上兽医行政管理部门在同级人民政府的统一领导下，负责组织、协调本行政区域内突发重大动物疫情应急处理工作，并根据突发重大动物疫情应急处理工作的实际需要，向本级人民政府提出成立本级突发重大动物疫情应急指挥部的建议。
旗县级以上各级人民政府根据本级兽医行政管理部门的实际需要，决定是否成立本级应急指挥部。
2.1.1 全市突发重大动物疫情应急指挥部的组成及职责
包头市人民政府主要领导担任全市突发重大动物疫情应急指挥部总指挥，分管领导任常务总指挥，市人民政府分管秘书长、农牧业局局长担任副总指挥，负责对较大突发动物疫情应急处理的统一领导、统一指挥，做出处理突发较大动物疫情的决策。指挥部成员单位根据突发重大动物疫情的性质和应急处理的需要确定，主要有市农牧业局、发展改革委、科技局、公安局、监察局、民政局、财政局、劳动和社会保障局、交通局、林业局、商务局、卫生局、工商局、包头出入境检验检疫局、民航包头机场、呼铁局包头地区办事处、包头军分区后勤部、武警部队等。
指挥部各成员单位职责如下：
市农牧业局：负责组织制订突发重大动物疫情防治技术方案；统一组织实施突发重大动物疫情的防控措施，并进行检查、督导；根据预防控制工作需要，依法提出对有关区域实施封锁等建议；向自治区兽医行政管理部门报告疫情并向有关地区通报疫情；紧急组织调拨疫苗、消毒药品等应急防疫物资等；提出启动、停止疫情应急控制措施建议；组织对扑疫及补偿等费用和疫情损失的评估。
市发展改革委：负责组织包头市储备药品保障支援、协调防护用品以及生活必需品应急生产，维护市场价格秩序。
市科技局：根据实际情况和需要，制订突发重大动物疫情防治技术研究方案，组织科研力量开展应急防治技术科研攻关，协调解决监测技术、药物、疫苗研发和应用中的有关科技问题。
市公安局：密切注视与动物疫情有关的社会动态，在动物防疫部门指导下，负责做好疫情封锁、动物扑杀、设卡堵截外疫传入等工作，依法、及时、妥善地处置与疫情有关的突发事件，查处打击违法犯罪活动，加强疫区社会治安管理和安全保卫工作，维护社会稳定。
市监察局（纠风办）：负责监督检查行政机关及其工作人员在突发重大动物疫情应急处理工作中履行职责的情况，对工作中的失职、渎职等违纪违法行为进行查处。负责公路动物防疫监督检查站的设立等工作的协调配合及监督检查。
市民政局：负责对受灾群众的生活救助。统一组织开展重大动物疫情的社会捐助工作，负责接受、分配市内外各界捐助的资金和物资，做好款物管理和发放工作。
市财政局：负责做好预算安排，保证突发重大动物疫情应急处理所需经费及时到位使用，并做好经费和捐赠资金使用的监督管理工作。
市劳动和社会保障局：组织制定并会同有关部门落实好参与突发重大动物疫情应急处理工作人员的工伤待遇政策。
市交通局：负责提供突发重大动物疫情应急处理人员以及防治药品、器械等应急物资和有关样品的公路和水路运输保障，配合兽医行政管理部门做好公路等流通环节的动物防疫监督检查和疫区封锁工作，并为各级动物防疫部门防疫专用车辆办理各地收费站免费证件。
市林业局：具体负责野生动物监测采样工作。组织开展陆生野生动物的资源调查和观测，组织专家分析和提出有关陆生野生动物的分布、活动范围和迁徙动态等预警信息；协助兽医行政管理部门组织开展对陆生野生动物疫源疫病的监测工作；发生陆生野生动物疫情时，会同有关部门快速采取隔离控制等措施。
市商务局：在发生突发重大动物疫情期间，负责做好生活必需品市场供应工作，维护市场秩序。配合农牧、商检等部门，做好动物屠宰企业的疫情防范、监管、处理和国内外可能对我市畜禽产品设限的应对工作。
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