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1．属于集中采购项目的，选择“集中采购”路径；属于自行采购项目的，选择“自行采购”路径。
2．输入采购编号，将采购项目拆分成若干包件，一个包件对应一个合同。
3．输入合同信息。采购人在未提交支付申请时可修改合同信息，提交后不可修改。
4．填写拨款申请。根据采购人是否已垫付项目款项，可选择拨付至供应商或拨付至预算单位，填写完毕后打印《集中采购支付申请表》或《自行采购支付申请表》。
需要注意的是，集中采购项目一般应直接拨付至供应商，若采购人在预算尚未批复前按沪财库[2007]18号文规定经市财政局同意先行委托市采购中心采购并已垫付款项的，待预算批复后，经市财政局审定，才可将款项拨付至采购人。
5．完成政府采购支付系统操作，提交电子信息，并同时将纸质资料报送主管预算单位。
所有纸质资料必须由采购人盖章，一般应包括：
（1）《集中采购支付申请表》或《自行采购支付申请表》。
（2）《委托代理协议》复印件（若委托市采购中心或政府采购代理机构组织采购的，需提供）。
（3）《中标（成交）通知书》（详见附件1）。
（4）采购合同原件（若委托市采购中心或政府采购代理机构组织采购的，必须由采购代理机构加盖骑缝章）、复印件及其他证明材料。
采购人必须按照合同约定申请付款，并提供合同约定事项的证明材料，如供货验货凭证、监理报告等。
（5）对于采购人委托市采购中心通过公开招标、分批供货方式采购的货物，可不提供（2）、（3）、（4）项材料，而应提供由市采购中心、采购人、供应商三方盖章的《上海市政府采购中心货物交付验收单》（简称“货物交付验收单”，详见附件2）原件及复印件。
若涉及补开《货物交付验收单》的，必须在原件上注明此件为补开。
（6）发票复印件。
（7）对于按规定须采用公开招标改为非公开招标采购的项目应提供财政部门审批意见。
（8）对于采用单一来源采购的项目应提供只能从唯一供应商处采购的依据或原合同（适用于采购金额百分之十以内的续标）。
（9）对于涉及进口产品的项目应提供财政部门审核意见等材料。
（10）财政部门要求的其他材料。
此外，申请付款流程调整后，对于采购人向市财政申请集中采购款项支付时，若出示合同为三方合同的，除须提供补充合同外，应向市采购中心核实合同支付情况，先由市采购中心开具付款联系单和明细单并加盖业务章交予采购人，再由采购人在报送支付申请纸质材料时一并提供。
6．通过项目跟踪，查询本单位付款状态。
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