㈢ 农业行政主管部门负责对县（区）调整农业产业结构的指导；
㈣林业行政主管部门加强对孔目江流域内的植树和绿化，提高森林覆盖率；
㈤国土资源行政主管部门负责对孔目江流域内的矿山地质环境实施监督管理以及对违法用地、开采行为进行查处；
㈥规划行政主管部门负责对孔目江饮用水水源保护区内的建设项目依法进行统一规划管理；
㈦建设行政主管部门负责城市污水处理；
㈧城市管理部门负责对孔目江流域内统一收集并送交驴脚岭垃圾填埋场的垃圾进行无害化处理，负责孔目江湿地公园的日常管理；
㈨公安部门负责监督管理剧毒物品和放射性物品的陆域运输，防止污染水体；
㈩卫生行政主管部门负责孔目江饮用水的卫生监督监测，对孔目江流域内的医疗废物收集、运送、贮存、处置活动中的疾病防治工作实施统一监督管理；
（十一）安全生产监督管理部门负责依法吊销孔目江流域内关闭企业的安全生产许可证；
（十二）经贸主管部门负责关闭孔目江流域内的“十五小”工业企业；
（十三）工商行政管理部门负责把好孔目江流域内企业登记准入关，会同有关部门取缔无照经营的工矿、餐饮等企业。
第五条 县级以上人民政府（管委会）应当将孔目江水质环境保护纳入本区域水污染防治规划，建立孔目江污染防治协调机制，组织有关部门制定孔目江水质污染突发事件应急预案，加强水污染事故的预防和应急处理。
第六条 县（区）人民政府（管委会）和孔目江流域内乡镇人民政府（办事处）、市有关部门（单位）以及报刊、广播、电视、网络等媒体应当加强污染防治的宣传教育，增强公众保护孔目江水质的意识。
第七条 市环境保护行政主管部门会同市水行政主管部门和县（区）人民政府（管委会）制定孔目江水质保护规划，报市人民政府批准实施。该规划需要调整时，由市环境保护行政主管部门报市人民政府批准。
第八条 任何单位和个人都有保护孔目江水质的义务，并有权对污染和破坏孔目江水质的行为进行监督和检举。
对防治孔目江水质污染成绩显著的单位和个人，由县级以上人民政府（管委会）或者有关部门给予表彰和奖励。
