1、2005年以来国家和省上领导批示要求查处的重大环境违法案件，环境保护部和省环保局环境监察建议书督办案件，国家、省、市级挂牌督办的典型环境违法案件。
2、2005年以来群众反映强烈、领导关注、环境污染严重、问题突出、重复上访、严重影响社会和谐的各种环境违法问题。
3、2007年中办国办环保督查中要求解决的突出环境问题整治落实情况。
重点检查取缔关闭、停产整治、限期治理等行政处罚措施落实情况和行政责任追究情况，确保各地挂牌督办环境违法案件，查处到位、整改到位、责任追究到位。
对城市污水处理厂、垃圾填埋场和脱硫设施等重点减排措施进行专项检查
以全面落实“十一五”污染物减排任务为目标，对城市污水处理厂、垃圾填埋场和脱硫设施等重点减排措施进行全面检查，集中整治环境违法行为。检查的重点和要求是：
1、查清已建成的城市污水处理厂基本情况，包括处理水量、主要污染物去除情况、污泥处置情况和在线监控设施安装运行等情况。建立环境监管档案，完善监管办法，落实监管责任，实现对污水处理厂出水水量、水质和污泥处置的动态管理，确保污水处理厂正常运行和达标排放。严肃查处擅自停运、超标排污、直接排污和污泥二次污染等环境违法行为。
对污水处理厂及其配套管网没有按要求建成或建成后不能正常运行的，继续列为省级环境问题挂牌督办单位，限期解决；对建成一年后运行负荷率达不到设计能力60%（不含污水实际处理率达到国家要求的城市污水处理厂），造成城市生活污水直接外排的，要限期整改，并公开通报批评；对城市污水处理厂超标排污的，未对污泥进行无害化处理的，拒报或者谎报排污申报登记事项的，未安装自动监测设备或者未与环保部门联网的，要严格按照《
水污染防治法》的规定对其运营单位进行处罚。对无正当理由不正常运营污水处理设施，造成污染事故且后果严重的，要依法追究运营单位和管理部门的行政或刑事责任。
2、查清已建成生活垃圾填埋场实际运行情况，包括生活垃圾填埋场的填埋量、雨污分流情况、防渗措施以及地下水监测情况。
对不符合规范要求的生活垃圾填埋场，要责令限期整改；加强对已经封场垃圾填埋场的环境监管，确保环境污染治理设施正常运行。
3、按照《甘肃省人民政府关于印发甘肃省2008年主要污染物总量减排计划的通知》（甘政发[2008]16号）确定的污染减排项目建设进度要求，全面推进重点减排项目建设，确保按期完成工程建设，尽早发挥减排效果。
