项目招投标按以下程序进行：指挥部成立招标领导小组，协调指导各县项目区的招投标工作，各县项目区也应同时成立招标领导机构；招标领导机构负责确定招标机构或委托代理机构；编制招标文件或资格预审文件；发布招标公告或发放投标邀请书；出售招标文件；投票、开标、确定中标人、签定合同。
施工单位应以项目建设的具体情况和实际需要选择监理单位，明确双方责任和权利，签订监理合同；监理单位承担监理任务后，须在项目现场建立监理机构，并确定专人负责项目监理工作；要按照国家规定的主要监理依据实施工程监理，在工程施工期间要做好监理记录和工程监理月报。工程结束后，监理单位应提交监理报告。
3、项目施工阶段（2008年2月21日至2008年8月31日）
项目承担单位做好相关的前期准备工作后，应组织施工单位进行项目实质性建设。项目建设中要全面实行“五制”、“四严”、“三专”。五制即：项目法人制、工程招投标制、工程监理制、合同管理制、公示制。四严即：严格规划设计、严格按设计施工、严格按标准管理、严格按质量要求。三专即：项目资金专款专用、专户储存、专人管理。施工单位应严格按照规划设计、施工设计和施工技术标准进行施工，保证工程质量，对出现质量问题或不合格的建设工程要进行返修，在施工过程中发现规划设计有差错的应及时提出意见和建议，由项目承担单位按规定程序上报申请变更。
县乡政府应积极协调解决项目建设中的资金配套问题，当地政府要积极组织群众采用以工代赈、投工投劳等方式完成主体工程以外的辅助工程（河堤等）的建设，加快工程进度，确保项目建设按期完工。
项目承担单位和财政部门要在项目建设中严把项目建设资金使用关。项目建设资金必须按规定的用途使用，严格执行专款专用、专项管理、单独核算；任何单位和个人不得截留、挪用、挤占项目资金，不准在项目资金中报销应属个人承担的费用，与项目资金有关的部门、单位及有关责任人员不准利用职权或职务上的便利为自己或亲友谋取不正当的利益。土地开发整理管理部门、财务部门、纪检监察部门要定期或不定期地对项目管理部门和项目承担单位及有关责任人员履行职责情况、项目实施情况、项目资金使用和管理情况进行监督检查，及时发现问题、解决问题。对有关人员违反《中国共产党党员领导干部廉洁自律从政若干准则》的不廉洁行为，要按《
中国共产党纪律处分条例》规定，给予党的纪律处分，或者给予相应的行政纪律处分；涉嫌经济犯罪的，移交司法部门依法处理。
