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市发改委、市经委配合做好工业源的普查及污染源普查成果的分析、应用。负责提供全市社会经济发展、产业结构、能源与资源等基础资料。2007年12月底前，向市污染源普查工作机构提供全市普查所需的社会经济发展、产业结构组成、能源与资源储存、开发利用等基础资料。配合市普查工作机构开展普查清查。2008年1月至5月，配合市普查工作机构开展污染源调查、检查、污染源普查填报督导、污染源普查情况检查、数据录入、审核、汇总、普查质量抽查和初步验收。2008年6月至2009年7月，配合市普查机构纠正普查数据，开展工业污染源普查成果的分析、应用，建立工业污染源普查数据库。
市公安局配合做好机动车排气污染的普查及相关普查成果的分析、应用、重点做好以城市（地区）为单位的机动车在用情况和排气污染情况调查等。2007年12月底前，向市普查机构提供全市机动车在用、排气污染等相关基础资料，开展全市机动车在用和排气污染情况清查。2008年1月至5月，负责开展全市机动车在用和排气污染情况调查、检查，组织全市机动车污染普查、数据审核、录入、汇总上报，配合区、市普查机构开展机动车排气污染普查情况的抽查和初步验收。2008年6月至2009年7月，配合省级以上普查机构对全市机动车污染排气污染普查的抽查、验收，分析、开发、应用机动车排气污染普查成果。
市财政局负责普查经费的预算审核、安排和拨付，并监督经费使用情况。要将全市第一次全国污染源普查经费及时纳入当年财政预算，按照普查工作步骤及时拨付普查经费，加强普查经费使用过程的监督，及时审核经费使用情况。
市建设局参与生活源普查，会同市环保局负责城市污水处理厂和垃圾处理厂（场）普查。2007年12月底前，向市普查机构提供城市污水处厂和垃圾处理厂（场）基础资料，开展生活源和城市污水处理厂、垃圾处理厂（场）的清查。2008年1月至5月，配合市环保局开展生活源和城市污水处理厂、垃圾处理厂（场）的调查、检查、普查及其普查数据审核、录入、汇总、普查质量的抽查、验收。
市农牧林业局负责农业源普查，主要包括农业污染源的基本情况、农药、肥料、农膜使用残留情况、农业秸杆处理情况、养殖业污染与治理情况、畜禽养殖粪便及其他主要污染物产生、产生排放的普查。2007年12月底前，制定农业源普查工作方案，成立农业源普查工作机构，编制农业源普查技术路线方案，确定和培训农业源普查工作普查指导员、普查员，完成农业源普查清查工作。2008年1月至5月开展对农业源普查单位的调查和检查，组织农业源普查队伍，进点入户开展农业源普查表填报工作，完成农业源普查情况、数据的审核、录入、汇总和普查结果上报任务，适时参加区、县对污染源普查质量的抽查和初步验收。2008年6月至2009年7月，做好国家和自治区普查机构对农业源普查质量和抽查、验收，完成农业源普查成果的分析、开发、利用，建立农业源普查数据库，上报市普查机构和上级普查机构，并搞好农业源普查工作总结和技术总结。
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