假如对企业所提供的银行资料存在疑问，只要向企业开户的银行核实（目前几大商业银行均开通了网上银行业务，叫企业当场以其密码上网查询核对）便可真相大白。
另外有些企业进口货物是委托其他单位代理报关手续，一切费用先由代理单位代垫，然后再由委托（进口）企业汇总归还代理单位垫付的款项，对这类企业海关完税凭证的审核，要求企业提供代理单位相关的银行资料，依照上述方法进行审核基本上能判断出其业务的真实性。
二、业务逻辑审核法
对企业业务的逻辑性和合理性进行审核，可以发现假票的一些特征：商品价格过高或质量等其他方面的指标达不到要求；违背经营常理；票面上的完税价格与税率相乘不等于税额。
三、报关单位审核法
从目前发现的虚假海关完税凭证的情况来看，大多数的企业不是亲自到海关去报关，而是通过一些中介单位取得的海关完税凭证，而问题往往出在中介单位。所以，在审核海关完税凭证时，应注意加强对那些不是自己报关的企业取得的海关完税凭证的审核。
四、缴税资金审核法
进口货物的企业在缴纳进口环节应纳税款时一般是采取银行转帐的方式进行，只有在特殊的情况下才会用现金缴税。在代理进口业务中受托方一般不为委托方代垫税款，异地企业间的大宗资金往来是采取银行转帐的方式进行，按常理受托企业收到委托方汇来的税款后一般不会再将其提现后缴税，所以在真票上加盖现金收讫章的极少。在检查时发现企业大额的海关完税凭证上加盖现金收讫章，一般情况下可认为有假海关完税凭证的嫌疑。（但从越南进口边境的贸易除外）
五、单证审核法
伪造的单证以海关开出的真实单证为样本进行仿造。已发现的假海关完税凭证中大多数仿深圳文锦渡、皇岗口岸，少数仿广州黄埔老港、上海文汇港口岸。目前查处的案件中利用假海关完税凭证进行抵扣税款的企业基本都是中小企业。
六、货物内容审核法
为确定进口货物的征税率，海关完税凭证填开时要求货物名称栏所填的货物名称必须非常准确且与商品代码栏的填写内容具有一一对应的关系，不得汇总或按商品大类填写，在假海关凭证上常会出现“XX产品一批”或“XX产品详见清单”等海关禁止的填开方式。如发现这类方式填开的，一般情况下可认为有假海关完税凭证的嫌疑。
