对经评估审定可行、拟纳入扶持计划的项目，由国家农发办在中央农口部门上报备选项后20个工作日内下达分省分项目投资控制指标，中央农口部门下发编报项目实施计划的通知。
第二十五条 部门项目计划实行自下而上编报。地方农口部门应依据项目计划编报要求和中央财政资金分省分项目投资控制指标，会同同级财政部门逐级编报、汇总年度项目实施计划。省级农口部门应在中央财政分省分项目投资指标下达后2个月内会同省级财政部门将年度项目实施计划报送中央农口部门。同时附送省级财政部门出具的地方财政配套资金和中央财政有偿资金偿还的承诺文件。
中央农口部门据此汇总编制年度项目实施计划，于中央财政资金分省分项目投资控制指标下达后3个月内报国家农发办批复。中央农口部门依据国家农发办批复的汇总计划批复项目分省计划，并报国家农发办备案，同时抄送省级财政部门。
第二十六条 年度项目实施计划一经批复，应严格执行。如因特殊情况，确需调整、变更和终止的，应按国家农发办规定履行报批手续。
第二十七条 各级农口部门应加强项目实施监督管理，建立健全项目管理责任制。项目建设单位应由专人负责工程建设管理，严把工程质量关。应积极推行项目法人制、招投标制、资金和项目公示制。
中央农口部门应在每年3月底前向国家农发办报送上年度项目实施计划完成情况统计表。
第二十八条 已竣工的部门项目以中央农口部门组织验收为主。某些项目由国家农发办委托省级农发办事机构进行验收。部门项目验收应吸收地方财政部门参与。
基层农口部门、财政部门和项目实施单位应做好部门项目竣工验收前的准备工作，由上一级农口部门会同同级财政部门进行督查。
第二十九条 国家农发办对部门竣工验收项目每三年进行一次考评。中央农口部门在对竣工项目组织验收的基础上向国家农发办提交验收考评申请并附验收总结报告。国家农发办按一定比例随机抽样确定考评项目的数量和名单，采取直接组织和委托的方式进行考评。国家农发办对已竣工的部门验收项目考评后，按考评标准作出是否合格的综合评价。
