第五条 地方各级农口部门应与同级财政部门（农发办设在财政部门的为农发办，下同）密切配合，各负其责，互相支持，共同做好部门项目管理工作。
第二章 扶持重点
第六条 部门项目应按照统筹规划、突出重点的原则，根据各类项目的特点，确定各自的重点扶持区域和范围，并符合部门行业发展规划，与国家农业综合开发总体规划相衔接。原则上限于国家农业综合开发县（市、区、旗、国有农场），避免与其他同类项目重复安排。
第七条 中型灌区节水配套改造应通过对灌溉面积5-30万元亩的中型灌区灌排骨干工程进行配套完善和节水改造，重点为农业综合开发中低产田改造提供灌排骨干工程条件。其立项条件是：灌区骨干工程设施老化失修，功能不能正常发挥，成为当地农业综合开发进行中低产田改造的主要制约因素；单个项目总投资一般不超过2000万元，在此限额内，根据配套政策的实际需要确定单个项目的中央财政资金扶持额度。
水土保持、林业生态示范和土地复垦应分别通过治理水土流失，增加林草植被和防治土地荒漠化，复垦工矿废弃地，保持和改善生态环境。其立项条件是：应有明确的区域范围，治理区面积集中连片，具有一定开发治理条件，对改善农业生产条件和生态环境具有明显的效果；年度单个项目连片治理面积水土保持、林业生态示范各3000亩（含）以上，土地复垦1000亩（含）以上；单个项目中央财政资金年度投资规模水土保持、林业生态示范分别不低于80万元，土地复垦不低于150万元。
良种繁育应通过良种繁育体系建设，为粮棉油等大宗农产品生产提供优质种子。良种繁育应以原原种扩繁和良种繁育基地建设为主，适当兼顾牧草种子繁育基地建设。其立项条件是：能在较大范围内增产且改善农产品品质果明显，名优新品种资源开发具有明显的区域特征和良好的市场前景；项目建设单位具有较强的技术力量，拥有拟繁育推广品种的自主知识产权或生产经营权，有相应的新品种开发潜力或品种资源保护与利用能力，有良种育繁推一体化的经营机制；良种繁育推广的新品种，应经国家级或省级品种审定委员会审定通过，引进品种应经相关部门审批通过；单个项目中央财政资金年度投资规模一般不低于100万元。
第八条 优势特色种养示范应重点扶持秸秆养畜和优势特色种养业良种繁育体系及生产示范基地建设。名优经济林花卉示范应重点扶持名特优新经济林和花卉种引进、繁育和示范推广。其立项条件是：有明显的资源优势和特色，开发的产品应有较高的科技含量和良好的市场前景；经济效益显著，示范带动作用明显，有利于形成区域主导产业和增加农民收入；项目建设单位有较强的技术力量、承建能力和适应市场经济的经营管理机制，具有独立的法人资格；单个项目中央财政资金年度投资规模一般不低于100万元。
