中国疾病预防控制中心承担全国菌群监测和菌株复核鉴定工作。
对于部分具备上述检测能力的县级疾病预防控制机构，其人员、设备和技术达到条件，并经省或市疾病预防控制机构认可，可从事相应的病原学和血清学检测工作。已经检测过的标本，报告市级疾病预防控制机构后，直接送省级疾病预防控制机构。
各级疾病预防控制机构要及时将检测结果填入个案调查表，逐级上报至省级疾病预防控制机构，省级疾病预防控制机构要将流行病学和实验室监测数据库上报至中国疾病预防控制中心。具体报告程序按《全国流行性脑脊髓膜炎监测方案》（另行下发）执行。
2、健康人群带菌监测和免疫水平监测
各省应根据本地流行情况，至少设立3个流脑监测点，在流行季节前开展抗体水平和人群脑膜炎奈瑟菌带菌检测。
3、耐药性监测
省级卫生行政部门应指定三级医院和省级疾病预防控制机构开展耐药性监测，指导治疗和预防用药。其他有条件的医院也应开展此项工作。耐药性监测结果统一报省级疾病预防控制机构，省级疾病预防控制机构报同级卫生行政部门和中国疾病预防控制中心。
中国疾病预防控制中心对各省上报的标本开展相应的耐药性监测，并同时向协和医科大学附属医院、北京大学人民医院相关实验室提供标本进行耐药性监测平行实验。中国疾病预防控制中心负责收集全国耐药性监测结果，定期报卫生部。
卫生部和省级卫生行政部门根据疫情控制需要，向社会公布推荐使用的预防药物目录。
（四）预测与预警
各级疾病预防控制机构要结合历年来流脑疫情、菌群分布、健康人群带菌状况和抗体水平监测结果等信息进行综合分析，对当地疫情进行预测和预警。各级卫生行政部门根据预测和预警的结果，及时组织实施相应的预防控制措施。
二、流脑疫苗免疫预防
（一）常规接种
1、已将A群流脑疫苗纳入国家免疫规划的省份，应按照《
疫苗流通和预防接种管理条例》要求实施接种，提高疫苗接种率；未将A群流脑疫苗纳入国家免疫规划，但有流脑流行的省份，应争取将其纳入国家免疫规划。
2、有C群流脑聚集性病例或暴发流行的省份以及流动人口集中的地区（特别是大城市），应推广应用A＋C群流脑疫苗。重点对学龄儿童和大型建筑工地外来务工人群等进行A＋C群流脑疫苗预防接种。
