项目投资指南应主要包括年度投资方向和项目重点领域，目标任务和区域布局原则，主要建设内容和建设规模，以及投资控制规模等。
项目投资指南于每年第四季度由农业部发展计划司统一印发各省级人民政府农业行政主管部门及有关直属直供垦区，指导相关单位开展项目前期工作。
第六条 地方及直属直供垦区申报的项目，其项目建议书、可行性研究报告等项目文件，由省级人民政府农业行政主管部门和直属直供垦区以计字号文报农业部，分送农业部发展计划司和有关行业司局。
农业部直属单位基本建设项目的项目建议书、可行性研究报告、初步设计等项目文件，由各单位内的投资计划管理机构会同业务管理机构组织编制和审查，以计字号文报农业部，分送农业部发展计划司和有关行业司局。
第七条 立项评估和初步设计评审原则上应委托有相应工程咨询资质的机构承担。评估（评审）机构组织专家按类别对项目进行评审。每个项目应由工程、技术、经济等方面的专家提出独立审查意见，评估（评审）机构综合专家意见后形成对项目的评审意见。
农业部发展计划司制定项目立项评估办法和评估标准，会同行业司局统一组织项目建议书、可行性研究报告的评估工作。包括统一从农业部基本建设项目专家库中抽取并确定评估专家，统一评估细则、时间和地点等。
中央投资600万元以上（含600万元）的地方和直属直供垦区承担项目的初步设计，由农业部行业司局负责评审；中央投资600万元以下的项目，由省级人民政府农业行政主管部门负责评审。农业部直属单位基本建设项目的方案设计、初步设计与概算由农业部发展计划司负责评审。
项目评估（评审）费用根据实际支出由农业行政主管部门负担。
第八条 经专家评估通过的行业项目，由农业部行业司局进行初选，向农业部发展计划司提出年度项目总体安排意见及初选项目（包括项目名称、建设单位、建设地点、详细建设内容与规模、投资估算与来源、建设期限、新增能力及其他有关内容）。
第九条 农业部发展计划司根据投资可能、项目评估结果和行业司局的初选意见，对项目进行审查和综合平衡。对限额以上或需国家发展和改革委员会、国务院机关事务管理局等相关部门审定同意后再由我部审批的限额以下项目，按程序报送国家发展和改革委员会、国务院机关事务管理局等相关部门审批或审定；对由农业部审批的中央投资600万元以上（含600万元）的项目，经部常务会议审定后，报主管部长审批立项；对中央投资600万元以下的项目，报主管部长审批立项。
