１．学校根据国家计划，有权提出招生来源计划，决定录取本、专科学生和研究生。
学校在完成国家招生计划的前提下，有权招收代培生和自费生。收费标准按国家规定办理。
２．学校结合专业方向和学科特点，有权举办短期进修、培训班，办班计划报局备案。
３．学校有权向用人单位推荐毕业生。当前每年毕业生的百分之五十可由学校与用人单位直接联系，提出分配方案，报局纳入国家分配计划。以后视情况逐年增大学校自主分配的比例。
４．学校有权制订教学计划和教学大纲，编写和选用教材，进行教学内容和教学方法的改革。
５．学校要逐步实行院（校）长负责制；学校有权提名任免副院（校）长，有权自行任免其他各级行政人员；学校可视实际情况，设立由院（校）长主持的校务委员会做为审议机构；学校要建立健全以教师为主体的教职工代表大会制度，加强民主管理和民主监督。
６．学校在局审定的人员编制和工资总额范围内，按照精简、效能的原则，有权自行确定机构设置（包括研究所、室），人员调配，实行教师职务聘任制，聘用、解聘及奖惩。
７．学校按照包干使用，超支不补，节约留用，自求平衡的经费预算管理原则，有权调剂使用年度事业费。
学校预算外收入除按１５％上缴主管部门外，其余原则上６０％用于教学科研和发展生产；４０％用于集体福利和奖励等。
８．基本建设按照国家有关规定，实行投资包干，学校按照局批准的总体设计任务书、总体规划、年度投资总额、基建标准和程序，有权在年度计划内的各子项目之间调剂使用投资。无正当理由的超支，学校要负经济责任。
９．学校在完成国家教学科研任务的前提下，有权参加项目投标，开展技术咨询服务，接受委托科研项目或与外单位进行科技合作，进行科学研究和技术开发，建立教学、科研、生产联合体。联合体的协议书报局备案。
１０．学校遵照国家外事政策和有关规定，开展对外交流活动，进行科技合作和互派人员。
三、加强学校建设，为医药事业现代化建设服务。
１．局属学校的发展规模和办学方向。沈阳药学院和南京药学院的总规模各为２０００人，南京中药学院１５００人。要积极创造条件以南京药学院和南京中药学院为基础，成立南京药科大学。学院应以培养高级专门人才为主，重点保证本科生和研究生的培养，同时努力办好在职的成人教育。各类学生的比例大体为：本科生占８０％左右，研究生占１０％左右，专科生、进修培训生占１０％左右。上海医疗器械专科学校发展总规模为１５００人，“七五”期间达到１０００人，其中专科生占９０％左右，进修、培训生占１０％左右。以培养专科生层次的人材为主。各校招生人数的递增，须同学校的建设协调发展。各校要扬长避短，充分发挥优势，办出各自的特点来。
２．加强薄弱学科，扶持新兴和边缘学科，根据医药事业发展，将有计划地加强中药学、制剂学、生物工程、制药工程和管理科学等学科、专业的建设。为适应“三个面向”的需要，将通过专业目录论证对现有专业设置作相应的调整。
