税务部门根据征集政策规定对一切应纳能源交通基金单位办理的申报登记手续，要按照登记表的内容逐项进行审核。对就地缴纳能源交通基金单位的应交基金项目、计征依据、计征方法、交纳环节、计征比例、缴纳期限等要逐项鉴定，填写《国家能源交通重点建设基金鉴定表》（表式和份数由各地自定），报经县税务局签章后，分送有关方面收执，作为征纳能源交通基金的依据。鉴定内容或政策规定有变动时，征纳双方应自发生变动之日起３０日内进行修订。每一年度终了后，应结合汇算清交工作，逐户进行一次全面的复查修订。
四、建立入库前的申报制度，加强征前辅导工作
缴纳能源交通基金单位应按照税务部门核定交纳期限，于期终后十日内填写《国家能源交通重点建设基金申报表》（表式由各地自定）一式两份，一份自留、一份报送当地税务部门，经审核后，填写《国家能源交通重点建设基金专用缴款书》，向所在地开户银行一次交清。因结算关系或其他原因，不能按期申报的，报经税务部门核准，可酌情延长申报期限；税务部门有权对其确定预交数额，由缴纳单位预缴，待申报后，再进行结算。
税务部门应加强对缴纳单位征前辅导工作，着重抓好重点户和大户，通过认真辅导，及时发现问题，堵塞错漏。
五、建立定期检查制度
各级税务部门对缴纳能源交通基金单位，除全国性的税收财务大检查外，每年都应组织力量进行一次普查或重点检查。同时，各省、自治区、直辖市和计划单列市税务局，要对所属税务部门在贯彻执行政策，遵守征收管理权限规定，完成收入任务等方面，进行重点检查。对检查发现的问题，要认真研究，提出处理意见，按照规定的权限，及时解决，并将检查结果，书面报送当地政府和上级税务局。
六、改变报表报送期限
缴纳能源交通基金单位向税务部门报送月、季度和年度预算外资金收入会计报表的报送期限改为：月份（季度）终了后１０日内报送，年度报表于年度终了后３５日内报送，集中缴纳能源交通基金的单位，报送年度汇总报表的期限可适当延长，并分户列表附报所属单位缴纳的能源交通基金（部队和军工部门免报）。
七、坚持依法办事
各级税务部门征集能源交通基金必须坚持按政策和管理权限办事，依率计征，对各地区、各部门、各单位自行减免或改变征集范围和项目，擅自提高或降低征集比例，自行下达与政策相抵触的文件和决定，税务部门有权拒绝执行。
