排污监理人员应列地方事业编制，其人员和业务费用，按财政部（８１）财预字第２１６号文规定，由地方事业费中解决，不足部分从环境保护补助资金中给予适当补助。
综合性治理措施和示范科研的补助费，用于地区综合性的防治和为开展环境综合防治而进行的专题调研等。不得用于城市建设，环境卫生和绿化等项目。
为避免资金分散，交纳的排污费８０％部分，也可以按系统或主管局适当集中使用。留给各地环保部门掌握的排污费中用于环保部门自身部分，原则上由省、市自治区环保部门集中管理；财政部门监督使用。
以上各项费用、按照规定的用款计划执行，年终如有结余，可以结转下年使用。
第六条 财政拨款。各级财政部门于每季度开始１０日后，将上季度入库排污费的８０％部分根据环保部门申请办理拨款手续，一次拨入环保部门在建设银行开立的环保补助资金专户。环保部门按已批准的治理污染项目分期分批拨款；或由环保部门分配给各主管局安排用于补助企、事业单位治理污染源。由建设银行监督拨款。对排污费收入的其余部分及提高征收标准、加倍收费、滞纳金和补偿性罚款部分，由财政部门根据环保部门的业务进度和用款计划，一次或按季拨给环保部门，由环保部门再拨给用款单位，其中用于综合性治理部分，亦由环保部门存入建设银行，按治理项目由建设银行监督用款；用于环保部门自身部分，凡涉及市（地）、区、县的，要相应抄送当地财政部门以便监督使用。
省、市、自治区集中部分，按照规定应拨付给征收地区使用的，定期由省、市、自治区财政部门作为专项预算拨款下达各级财政，同时抄告当地环保部门，此项拨款一并使用于综合性治理措施，环保部门监测仪器设备购置、业务活动和排污监理补助的业务性开支，按预算计算安排使用。
第七条 支出结报。凡属一次性拨补款项，可按拨出数为支出数；按实报销的，拨款时以“暂付款”处理。项目完成后办理结算，按实际支出数核销、收回结余资金，冲减“暂付款”。拨给各级环保部门的排污监理补助费，以拨出数作为支出数，结余资金年终不上缴，结转下年继续使用。
各级环保部门应根据会计核算办法规定的表式和日期，逐级报送月报、季报和年度决算。省、市、自治区汇总的年度决算应于次年二月底前报送建设部环保局两份。
第八条 为了保持征收排污费收支的连续性，各级环保部门要对执行国务院《
征收排污费暂行办法》以前征收的排污费认真进行清理。挪用、占用的资金要收回。并编出以前年度排污费收支决算表，报送各省、市、自治区环保和财政部门，由省、市、自治区环保部门汇总后报送建设部环保局两份备案。同时将结余资金，包括各类银行存款，一并缴入同级财政金库。此项结余资金应并入预算内管理。按环保补助资金的规定使用，各级财政部门应对以前年度的排污费的清理进行监督检查。
