第四条 收入管理。各级负责征收排污费的环保部门，应在所在地人民银行开立“征收排污费专户”（作为财政存款不计利息）、开出的“征收排污费通知书”应注明指定的银行帐号，排污单位在规定期限内，用“付款委托书”、“信汇委托书”或“委托收款书”，缴入指定的收费专户，在交通便利，银行分支机构分布面广的直辖市或有条件的大、中城市，亦可由市级环保部门开立一个“征收排污费专户”集中收缴。此项收费专户只用于排污费收入的存储和解缴，不得用于其它款项支出。各级环保部门征收的排污费除少数无开户银行的缴款单位外，一律不收现金。发生个别的现金收款，亦应及时存入“收费专户”。
各级环保部门于每月终了后１０日内，将已收的排污费，提高征收标准费，加倍收费、滞纳金和补偿性罚款等，用金库缴款书，从人民银行收费专户中以“其它收入类——征收排污费收入”科目悉数解缴地方金库。根据省、市、自治区规定，中央部属企、事业单位；省、市（地）属企、事业单位缴纳排污费需上缴省、市（地）的，应分别计算，按月用金库缴款书分别缴入省、市（地）级金库。集中收费的直辖市和大、中城市，由市环保部门统一缴入金库。
收入缴库后，应编制“征收排污费收入解缴明细表”（附表２），以便环保部门和财政部门与解缴金库数核对。编报份数由各省、市、自治区按需要自定。
第五条 环境保护补助资金的使用范围。
污染源治理补助费，主要用于补助交费单位治理污染源。交费单位在提出治理方案时，须经主管部门审查，所需资金应首先利用自有财力安排，如确有不足时，可向环保部门和财政部门申请补助，这种补助一般不得超过所缴排污费的８０％。个别交费单位因所缴款项不足经主管部门同意，超额补助部分由自有资金归还。对某些环境效益、经济效益显著的个别重点治理项目，如资金缺口较大，治理单位有偿还能力，经环保部门和主管部门协商同意，可向建设银行申请低息优惠贷款，建设银行可使用财政拨入的环保资金贷给，所收利息（低息）作为建设银行收入。
其余部分由各地环境保护部门掌握，主要用于补助环境保护部门的监测仪器设备购置费，包括国产仪器设备、进口仪器设备和监测车辆的购置。
业务活动补助费，主要用于污染源监测、调查、监测方法与技术的研究、环境保护宣传教育、技术培训、奖励等，以及５万元以下的监测业务用房，零星小型建设补助等方面。但不得用于盖办公楼、宿舍等非业务性开支。
