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试点单位对外承接的任务，一律要签订合同，明确研究任务、技术经济指标、完成期限、提供经费及偿还额，以及合同双方应当承担的责任等。
合同的经费计算大体包括：人员工资、水电能源交通费、管理费、原材料费、设备使用费和一定的经济收益。
国家下达的任务，其经费划拨按国家规定办理。
部下达的任务，其经费按部科技基金管理办法实行一次核定，按进度分期拨付。科研成果，凡可以进行技术转让的，应通过转让从直接受益方取得一定的经济收益；无法对具体单位进行技术转让应用研究成果及公益性成果，由部科技基金提供一定的经济收益。
试点单位的科研基建和大型仪器、设备购置，仍按现行渠道不变。
３．扩大试点单位的财务自主权
试点单位的各项经费收入，在保证完成合同任务，注意发展研究实力的前提下，由本单位自主管理，合理调剂使用。
试点单位的纯收入不上交，用于建立本单位的科技发展基金、集体福利基金和奖励基金。三项基金的比例暂定为科技基金５０％，集体福利基金和奖励基金共５０％。
上海船研所和重庆公路所两个试点单位实行经费自立，其奖金发放办法：完成计划任务，纯收入比上年增长的，奖金可以适当增加，否则奖金要适当减发或停发，全年发放奖金总额在两个半月标准工资以内的。免予上交；两个半月以上，四个月以内的部分，交部３０％；四个月以上，六个月以内的部分，交部１００％；六个月以上的部分，交部３００％。超额奖金的上交金额纳入部科技发展基金。
奖金的使用形式由试点单位自主决定，可以实行考勤考绩奖、浮动工资、自费浮动升级、岗位津贴以及自费工资改革等，坚持按劳分配，取消平均主义的综合奖。试点单位自主决定的工资形式及岗位津贴等，在职工调离时即相应撤销。
试点单位暂时不用的科技基金，可以按自愿互利的原则，通过合营、联营、补偿贸易等形式向其他单位投资，以利把闲置资金用活，但应注意不使影响本单位对资金的使用。
４．扩大试点单位的人事自主权
试点单位实行院（所）长负责制。院（所）长由部任命，副职由院（所）长提名，部任命；中层干部的命名，由本单位负责；课题组实行有领导的自由组合。
试点单位各级行政领导实行任期制，任期三年，可以连任。试点后新任命的各级干部，在任期间享受该级干部的各项待遇，离任后相应撤销。
试点单位在部核定的定员编制内，有权按照本单位的科研方向、任务的特点和实际需要，自主确定内部机构设置和人员配备；有权择优录用，招聘所需人员，拒收不适宜到科研单位工作的人员；有权组织人员的合理流动，对不适合科研所工作的可以进行调整、调动或组织学习；对不服从分配又经教育不改的人员有权进行惩处直至除名。
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