产业技术研发中心和功能研究室、综合试验站根据任务委托协议和任务书开展相关研究与试验示范工作，并通过共同的目标和任务建立长期的业务关系。
执行过程中，产业技术研发中心针对产业发展中的重要问题，向相关部门（单位）提出支持立项建议，促使相关基础研究成果与体系内的研究相互衔接。综合试验站收集、分析和整理本区域生产实际问题、技术需求信息和疫情、灾情等动态信息，及时反馈到产业技术研发中心，产业技术研发中心经会诊并提出明确意见和建议后上报中央有关部门。
（三）考核
建立现代农业产业技术体系内部绩效考评制度。每年度，由首席科学家根据任务委托协议内容指标，组织对功能研究室和研究室主任及各研究岗位专家、综合试验站和站长进行考核，将考核结果报管理咨询委员会。
监督评估委员会根据任务书内容指标，对产业技术研发中心和首席科学家进行年度考核，并将考核结果报管理咨询委员会。根据考核结果，对未完成任务书任务指标的，提出整改要求。
每五年进行一次综合考核，考核结果分为合格、不合格两种。综合考核不合格的，调整产业技术研发中心和首席科学家、功能研究室和研究室主任及各研究岗位专家、综合试验站和站长的相关资格。
五、遴选方式
（一）产业技术研发中心及功能研究室
产业技术研发中心依托现有中央和地方的研究、教育机构择优产生，不作为法人单位。依托单位必须具备较好的研究基础条件、综合能力较强的创新团队，有较高的管理水平，依托单位及其主管部门（单位）或所在地政府有较高的积极性。产业技术研发中心和首席科学家由农业部提出候选名单，征求相关部门（单位）或地方政府主管部门以及同领域专家意见后，由农业部确定。
首席科学家根据《优势农产品区域布局规划》和各研究领域优势特点、技术需求、以往承担农业科研任务等情况，在现有国家级和省部级农业科研基地如国家重点实验室、部省级重点实验室、国家农作物改良中心分中心、国家工程技术研究中心、国家工程中心、国家引智基地等建设依托单位中选择推荐功能研究室候选名单报管理咨询委员会办公室，由相关学术团体组织评议后，报农业部公示批准。功能研究室依托单位隶属地方的，还应征求相关地方政府主管部门意见。
功能研究室主任由首席科学家提名，征求功能研究室依托单位意见并报农业部公示后批准。功能研究室的岗位设置及人员聘用，由功能研究室主任提名、执行专家组研究确定并征求所在单位意见后报农业部公示批准。同一功能研究室的岗位由不同单位的人员组成，首席科学家可以兼任其中一个科学家岗位。
（二）综合试验站
