三、管理体制
在不打破现有管理体制的前提下，根据决策咨询、执行和监督三个层面权责明晰的原则，由农业部负责成立现代农业产业技术体系管理咨询委员会、执行专家组和监督评估委员会。各组成部分人员不相互兼任。
管理咨询委员会负责审议现代农业产业技术体系发展规划和分年度计划，统筹不同产业、不同区域的协调发展，综合评估现代农业产业技术体系发展状况及其贡献。管理咨询委员会由相关政府部门、产业界、农民专业合作组织代表及有关专家组成。管理咨询委员会下设办公室，负责日常工作，建立管理平台，动态监管各体系运行管理情况。
各产业技术体系执行专家组负责实施现代农业产业技术体系发展规划和分年度计划中的相关任务，组织开展相关科技活动，指导、协调和监督各功能研究室和综合试验站的业务活动。执行专家组由各产业技术研发中心首席科学家和功能研究室主任共同组成。
分产品（领域）分别成立监督评估委员会。负责对各产业技术研发中心（含功能研究室）、综合试验站进行监督和评估，以及对体系中有关人员职责履行情况进行评估。监督评估委员会由行业管理部门、主产区政府主管部门、相关学术团体、推广机构、行业协会、产业界、农民专业合作组织代表以及财务和管理专家组成。
四、运行机制
现代农业产业技术体系建设每五年为一个实施周期，实行“开放、流动、协作、竞争”的运行机制。
（一）任务确定
每五年周期开始的前一年，由各产业技术研发中心和首席科学家组织本体系内的人员，全面调查征集本产业技术用户包括中央和主产区政府部门、推广部门、行业协会、学术团体、进出口商会、龙头企业、农民专业合作组织提出的需要解决的技术问题，经执行专家组讨论梳理后，提出本产业技术体系未来五年研发和试验示范任务规划与分年度计划，报经管理咨询委员会审议后，由农业部审批后下达。
（二）执行
产业技术研发中心和首席科学家根据农业部、财政部审批下达的五年研发和试验示范任务规划和分年度计划，制订本体系五年研究和试验示范任务分解方案，经执行专家组讨论通过后，将任务分解落实到本体系内的每个功能研究室和每个研究岗位、综合试验站和站长岗位。由产业技术研发中心和首席科学家与功能研究室及其建设依托单位和研究室主任、综合试验站及其建设依托单位和站长分别签订任务委托协议，产业技术研发中心及其建设依托单位和首席科学家与农业部签订任务书。
