霍尔果斯经济开发区重点发展化工、农产品深加工、生物制药、可再生能源、新能源、新材料、建材、进口资源加工、机械制造、商贸物流、旅游、文化及高新技术等产业。其中，伊宁市重点建设区域性商贸物流中心和优势资源转化加工区；霍尔果斯口岸重点建设中哈霍尔果斯国际边境合作中心中方中心区及配套区；清水河配套产业园区重点建设农副产品深加工和出口机电产品配套组装加工基地。
六、扶持政策
（一）2011年至2015年，中央财政对经济开发区建设每年给予一定数额的补助。将经济开发区内基础设施建设纳入现行国家级经济技术开发区基础设施项目贷款财政贴息政策范围，对符合条件的基础设施项目银行贷款，中央财政给予贴息支持。
（二）2011年至2015年，对经济开发区内符合条件的生产企业固定资产投资，中央投资给予支持；对符合条件的企业购置机器设备的固定资产投资贷款，地方财政予以贴息支持。
（三）2010年至2020年，对经济开发区内新办的属于重点鼓励发展产业目录范围内的企业，给予自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起企业所得税五年免征优惠，具体目录由财政部、税务总局会同有关部门研究制订。对农副产品加工转化和劳动密集型产业等符合条件的企业，在用电、运输等方面给予特殊价格政策支持，具体办法由发展改革委会同有关部门研究制订。
（四）对经济开发区内属于《
产业结构调整指导目录（2011年本）》鼓励类、《
外商投资产业指导目录》鼓励类和《
中西部地区外商投资优势产业目录》的项目，进口国内不能生产的自用设备，以及按照合同随设备进口的配套件、备件，在规定范围内免征关税。
（五）支持在经济开发区内设立海关特殊监管区。批准霍尔果斯为整车进口口岸。经济开发区内符合条件的企业以边贸方式经营进出口商品，在申请配额、许可证时给予倾斜。
（六）鼓励和引导各类金融机构在经济开发区内设立分支机构。建立经济开发区金融监管协调机制，统筹研究和协调金融政策，推进金融创新试点，推动金融行业发展，支持经济开发区建设。支持设立经济开发区产业投资基金。
（七）加大国家各类科技计划的支持力度，引导企业和科研机构在经济开发区实施一批重大科技项目。通过科技型中小企业创新基金，加强对经济开发区科技型中小企业的支持。实施科技成果转化的股权激励政策，进一步加大高新技术企业认定、研发费用税前加计扣除、技术转让免税等政策落实力度，对外商投资企业设立研发中心按规定给予政策支持。支持内地科技成果在两个经济开发区转化。中央财政支持经济开发区职业技术人才的培养。
