新农合经办机构应当规范设置会计、出纳、审核、复核、信息统计、稽查等岗位，并明确职责分工。会计、出纳、审核不得互相兼任，审核和复核不能由一人完成，不得由一人办理基金支付的全过程。
要规范审核流程，采取网络实时审核与费用清单事后审核双重措施，对病人、病历、处方、收费的真实性、一致性、合理性进行综合审核并定期复核。严格票据审核，必须使用就诊票据原件报销。建立健全稽查制度，通过电话查询、入户回访等方式，对参合患者尤其是异地就医或发生大额医疗费用的参合患者进行跟踪核查。经办机构及其工作人员不得擅自变更支付项目、扩大报销范围、降低或提高补偿标准，严禁虚列支出、提取或变相提取管理费。
定期开展培训，提高经办机构经办能力和管理水平。加强对经办机构的绩效考核，将组织机构设置、财务会计管理、审核报销程序、稽查监管、公示落实、档案管理、信访受理等纳入考核范围，奖优罚劣，调动经办人员积极性。
各地要进一步充实新农合管理经办队伍，落实人员编制和工作经费。省、市级卫生行政部门要有专人或专门的处室负责新农合管理，县级卫生行政部门要设立专门的经办机构，强化管理经办队伍建设。鼓励各地采取政府购买服务的方式，委托具有资质的商业保险机构参与新农合经办服务，但不得将基金用于支付商业保险机构的管理费用。政府和主管部门要加强监管和规范指导，保证基金安全。
七、加快推进新农合信息化建设
各省（区、市）要严格按照卫生部制定的《新农合管理信息系统基本规范》（卫办农卫发〔2008〕127号），加快建设省级新农合信息平台，确保与国家级信息平台互联互通。要加强新农合信息系统的安全等级制度保护工作，采取有效措施保障新农合信息和网络安全，防范信息泄露。
定点医疗机构信息系统要主动提供标准化数据接口，实现与新农合信息系统的无缝连接，保证新农合病人的即时结报，并按规定向新农合信息平台上传参合农民就诊规范化数据信息。有条件的地区要通过推广使用参合“一卡通”等可识别身份的信息化凭证等方式，防范冒名顶替等弄虚作假行为。
各省（区、市）要依托省级卫生信息平台或省级新农合信息平台开发即时查询功能，所有二级以上医疗机构要实时或定期上传出院病人规范化信息（含患者姓名、身份证号、住址、入出院日期、疾病诊断、医疗费用等），尽快实现就医信息联网审核。
