(一)项目法人组建
针对“十二五”期间中小河流治理和小型病险水库除险加固建设项目数量多、分布广、规模小、建设管理力量薄弱等特点，要整合人才资源，实行集中建设管理，要以县为单元组建统一的项目法人，承担包括中小河流治理和小型病险水库除险加固在内的各类中小型民生水利项目的建设管理职责。项目法人要按隶属关系由相应的地方人民政府组建。省级水行政主管部门要加强对市，县水行政主管部门和各类项目法人的指导，组织对项目法人负责人和技术负责人等项目管理人员的培训。
(二)招标投标
中小河流治理和小型病险水库除险加固项目的施工、监理和重要设备材料采购，均应通过招标确定。各级水行政主管部门要切实加强对建设项目招投标工作的监管，原则上一个初步设计一个标的，有条件的地方可采取打捆招标方式，选择符合资质要求、信誉好、实力强的施工、监理队伍。可将项目的设计和施工作为一个整体，采取设计、施工总承包的形式进行招标，吸引有实力的设计、施工单位积极参与。要完善标底编制方案和评标方法、加强评标专家组织管理等，严禁泄露标底、围标、串标等违法违规行为，同时要避免施工、监理单位恶性低价竞争，明显低于合理标底价的不得中标。对违法违规行为要依法查处并载入水利建设市场信用档案。
(三)建设监理
各地要严格按照《
水利工程建设监理规定》(水利部令第28号)的规定，加强中小河流治理和小型病险水库除险加固项目的监理管理工作。各级水行政主管部门要加强对监理单位的市场监管，对监理工作不规范，影响工程建设的，要坚决予以纠正，并限期整改，情节严重的予以全国通报。在县域内尽可能将同类项目整体或同类项目分片区打捆选择相应资质等级的监理队伍承担中小河流治理和小型病险水库除险加固项目监理任务，要足额落实、及时支付监理费用，充分发挥监理队伍的作用。监理单位要按照合同及有关规定组建现场监理机构，履行监理职责；监理人员必须持证上岗，总监理工程师和各类监理人员要按合同约定到岗到位。
(四)资金管理
各地要严格执行各项财务制度，规范资金使用管理，严禁挤占、滞留、挪用建设资金，确保专款专用，确保资金使用安全。中小河流治理中央专项资金主要用于防洪主体工程建设，不得用于移民征地、城市建设和景观建设、交通工具和办公设备购置以及楼堂馆所建设等支出。小(1)型和重点小(2)型病险水库除险加固项目资金管理应分别按照财建[2010]436号、财建[2011]47号文件有关规定严格执行。
