医院可根据专科发展水平分为重点、培育、扶持三个层次进行建设与管理。
重点专科应对每年的建设情况做出总结，重点病种具有明显的中西医结合优势，临床疗效突出，其影响力辐射至区域外，医院应当集中力量进行重点建设。
培育专科应对建设情况做出总结，重点病种具有明显的中西医结合优势，临床疗效突出，在区域内有一定影响力，医院应当增加投入，争取在3-5年后成为重点专科。
扶持专科应对建设情况做出初步的总结，重点病种疗效确切，医院应当创造条件，争取在3-5年后成为培育专科。
二、专科遴选
专科项目遴选应结合医院功能定位和发展规划，综合评价该专科中西医结合诊疗服务能力与水平、人员结构、临床研究的现状与前景、诊疗方案的中西医治疗优势和疗效水平、学术经验的继承与创新、医疗质量改进的机制与措施、基础设施设备条件等因素。
医院医疗管理部门与学术委员会应依据国家级、省级、地市级、院级等不同级别专科项目的建设标准与要求，评估医院现有专科的中西医结合工作基础以及专科重点病种中西医结合诊疗方案，对专科进行遴选确定。
三、建设目标
专科建设应以提高临床疗效为核心，以中西医结合临床实践为依托，围绕重点病种，通过总结、对比中西医治疗方法在不同的疾病和疾病发展不同阶段的治疗优势，进行最优化组合运用，达到提高疗效、缩短疗程、减少毒副反应、改善卫生经济学指标的目标。
医院应巩固各级专科建设项目成果，保持中西医结合重点专科在区域内或全国专业覆盖面广、运行机制良好、规模效益明显的优势，发挥其在技术指导、人员培训和成果推广等方面的作用，使其成为区域内或全国的中西医结合医疗中心。
四、临床工作
专科项目应根据既往工作基础确定2-3个重点病种。重点病种研究应具有鲜明的中西医结合特色并保持相对稳定，专科的主要学术研究方向与重点病种相一致。
重点病种的中西医结合诊疗方案，以提高中西医结合临床疗效为目的，体现本专科的历史积累与创新；体现中西医治疗方法对不同的疾病和疾病发展不同阶段的治疗优势，并利于临床运用；体现药物与非药物疗法的综合运用。
重点病种的临床研究要通过梳理重点病种的中西医结合诊疗现状、疗效水平、治疗难点和解决思路等问题，在总结老一辈名中医与中西医结合专家学术思想和临床经验的基础上，不断提高临床疗效；引进先进技术和设备，为中西医结合研究工作提供新的借鉴和条件；同时针对治疗难点，积极开展中西医特色诊疗方法与医疗机构中药制剂的多中心协作研究，逐步优化、完善诊疗方案。
针对专科发展的现状和需要，建立中西医结合医疗质量控制体系，在组织机构、人员设置、病种管理、临床药事、医院感染、医疗安全等方面设定标准，保证专科医疗质量的持续改进。其中，应重点评价中、西医方法针对疾病发展主要矛盾相互配合的有效干预能力、实际诊疗过程与中西医结合诊疗方案的符合率、辨证论治的优良率、中西医结合诊疗技术、中药饮片和医疗机构中药制剂的使用率、中西医结合诊疗质量控制标准的应用率等指标。
专科项目建设应明确将开展中西医结合切入点的寻找与求证作为临床研究的重点方向。学术研究应集中在对本专业疑难、复杂临床问题的破解上，进而推进中西医结合临床诊疗规律的系统研究，并逐步促进中西医结合方法学的创新，从而对本专业的中西医结合工作起到积极的示范作用。
鼓励专科项目建设的成果积极申报政府或专业学术团体的奖励。
五、人才建设
