（一）积极开展合作审计。各级审计机关尤其是上级审计机关要根据环境保护跨行政区域的特点，积极组织相关审计机关和协调相关主管部门对水、大气污染防治和生态建设等共同关注的区（流）域性生态环境事项，通过平行或联合审计的方式开展审计和审计调查，并建立协商机制，加强审计情况的协调、沟通与交流，共同研究和探讨解决问题的措施与办法。审计报告分别提交给当地人民政府，审计结果及整改措施和效果互相通报，做到目标统一、重点突出、分工明确、成果共享，促进跨行政区（流）域环境问题的解决。
（二）积极开展跟踪审计。各级审计机关对关系国计民生的重大资源开发利用和环保工程项目、重大资源环境管理政策措施和战略规划等（如国家大江大河及湖泊治理规划、退耕还林工程和节能减排政策执行），要积极试行跟踪审计和审计调查，确保国家重点建设项目得到顺利实施，资源环保工作措施和规划得到落实，突出问题得到控制或纠正，促进有关部门和单位健全制度、完善措施、加强管理、改进工作。
（三）积极运用信息技术与方法。一是积极探索使用行业主管部门已有的监测、测量技术方法（如全球卫星定位系统〔GPS〕和环境质量监测技术等），以及其他监督检查手段与方法（如排污费核定和污染物减排核算办法等），并将得出数据与主管部门数据进行比较，对比较结果进行判断分析，为资源环境审计提供线索和数据；二是积极开展资源环境信息系统审计，检查有关部门和单位资源环境信息系统（如环境统计信息系统、排污费征收管理系统和污水处理信息系统等）的安全性、稳定性、合理性和效率性，对数据的真实有效性进行核查，以推动被审计单位切实加强内部控制和改进管理。
五、着力构建资源环境审计整体工作格局
各级审计机关要围绕资源环境审计工作重点，构建资源环境审计与其他专业审计相结合的整体工作格局。
（一）财政审计要关注各级政府制定、执行资源环保政策制度和筹集、分配、管理和使用资源环保财政资金的情况，揭露其资源环保政策制度执行不到位和资金分配、使用与管理中存在的不合规、不真实等问题。
（二）投资审计要关注国家重点建设项目在规划布局、立项审批、设计施工、生产运营等环节是否严格执行国家环保产业政策，以及对资源环境的影响及其防治措施的合法性、效益性，揭露其建设项目违反国家投资产业政策、环境保护措施不到位、浪费资源、污染环境和破坏生态等问题。
