国家税务局国税发（１９９０）２０５号文件规定：“对直接从事棉花收购工作的基层收棉站，其棉花收购的溢余收入，如有帐可查有户可找的，应在纳税年度内及时地退还给棉农。在退还棉农之前，应通过帐户如实核算，待退还后再行调帐。如果有些基层收棉站的棉花收购的溢余收入，无法退还给棉农或不退还给棉农的，应全部并入企业的利润照章纳税”，“对县及县以上棉麻企业取得的棉花溢余收入，应全部并入企业利润照章纳税”。
三、规章之间规定不一致的主要问题
（一）对棉花升溢款处理的原则和方法不同
商业部的批复对棉花升溢款只规定应退还给棉农，无法退还的部分要挂帐，留待下年抵补亏损使用，既未规定升溢款应并入企业利润照章纳税，也未规定应作为非法所得收缴国库；国家物价局１９８８年的规章把棉花经营单位的盈利额限制在５‰以下（１９９０年的规章为３‰以下），超过部分应退还棉农，无法退还的则视为非法所得，由物价检查机构收缴国库；而国家税务局的规章则规定基层收棉站的棉花收购的溢余收入，无法退还给棉农的，可全部并入企业利润照章纳税，对县及县以上棉麻企业的棉花溢余收入，可全部并入企业利润照章纳税，这实际上把这部分溢余收入变成了企业的合法收入，除纳税外，剩余部分可归企业所有。同样是棉花溢余收入，物价规章规定为非法所得，而税收规章规定可并入企业利润除纳税外，归企业所有，物价规章与税收规章关于对棉花升溢款的处理原则和方法的规定是相互矛盾的。
（二）对棉花经营企业的分类与政策不同
商业部的批复和国家物价局的规章对棉花经营企业未进行分类，其政策是统一的，而税务局的规章则把棉花经营企业分为两类，实行不同的政策；一类是基层收棉站，收购棉花的溢余款可退还棉农，无法退还的可并入企业利润照章纳税；另一类是县以上棉麻企业，棉花溢余收入可全部并入企业利润照章纳税。我区大部分地区是由县棉麻公司直接经营的，基层收棉站仅行使代购职能，无棉花经营权，所以税收规章的这一规定与我区实际情况不符。
（三）税收规章与物价规章实施后的社会效果不同
棉花经营企业都愿意执行税收规章，因为除纳税外，其棉花收购溢余收入的剩余部分可归企业所有，变为合法收入；棉花经营企业不愿意执行物价规章，因为该规章规定无法退还给棉农的溢余收入为非法所得，要由物价检查机构收缴国库。
四、关于规章的效力问题
