科研项目承担单位财务部门应按各科研项目独立核算，跨年度科研项目的经费核算应保持核算对象及口径的一致性。
第十条 科研项目经费支出须严格执行预算，专款专用。
任何单位及个人不得以任何理由和方式截留、挤占和挪用科研项目经费；不得用于罚款、捐款、赞助、投资、福利性支出和生活性支出等。
严禁“以白条列支”、“以借代支”、“以拨代支”等违规行为。
第十一条 承担单位支出项目经费时，应由科研项目责任人按科研项目经费预算的范围和标准提出使用计划，经本单位科研管理部门审核，按单位审批程序执行。不在预算范围内的开支，一律不予报销。
第十二条 科研项目的管理费和人员费应由承担单位提取、管理和使用。科研项目有两个以上承担单位的，应按协议（合同）书确定的各单位资助经费额度分别提取，不得重复提取。
管理费应按当年实际拨款额的10%提取；人员费应按人员费预算比例的50％提取，其余50％应在科研项目验收合格后再提取，不得提前提取。
第十三条 购置专用仪器设备应按照政府采购的有关规定执行。
使用科研项目经费购置或研制形成的资产属于国有资产，其管理权和使用权由依托单位与承担单位协商确定，并纳入相关单位的固定资产账户进行核算与管理。资产的处置按总局的有关规定执行。
第十四条 科研项目经费中不得列支通讯费、市内交通费和餐费。确需支出的，可根据项目需要和经费总额情况，在资助经费的1-2％额度内编制公杂费预算，经批准后，以公杂费补贴形式发放给项目主要承担人员。
第十五条 依托单位应会同承担单位在每年9月30日填写以前年度的《科研项目经费使用情况汇总表》，并与加盖财务专用章的经费支出明细，于10月15日前报送总局科教司。
承担单位应将经费支出情况报送给依托单位。
第十六条 科研项目完成后，依托单位应会同承担单位编制科研项目经费决算，与其他验收材料一并报送总局科教司。
第十七条 结题项目的结余资金，经总局批准后，优先安排新增科研项目的支出、需要追加的项目支出，也可用于承担单位的科研工作。
